В это время Гитлер заверил Великобританию и Францию, что Судеты – это его последняя территориальная претензия в Европе. 29-30 сентября 1938 г. в Мюнхене прошла конференция Великобритании, Франции, Германии и Италии. Её решение было предъявлено Бенешу в ультимативной форме, и он согласился (не хотел войны). С 1 по 10 октября Германии оккупировала Судетскую область и районы с преобладающим немецким населением (41 тыс. кв. км., около 5 млн. чел., из них более 1 млн. – чехи и словаки). В 3-хмесячный срок должны были быть удовлетворены территориальные претензии Польши и Венгрии. 2 октября поляки заняли Тешин. В ноябре 1938 г. Германия и Италия провели т.н. «I Венский арбитраж», на котором передали Венгрии южные районы Словакии и Закарпатской Украины. Всего осенью 1938 г. Чехословакия лишилась 29% территории, 34% населения, 40% промышленного потенциала. Новая граница с Германией прошла в 40 км от Праги. [Судетская область сначала составила отдельный рейхскомиссариат. Рейхскомиссаром Судет был назначен К. Генлейн. Позднее Судеты были превращены в «Имперскую область Судетенланд». Рейхсштатгальтером этой области вновь стал Генлейн].
После Мюнхена в Чехословакии начался период II республики. 5 октября 1938 г. ушёл в отставку и уехал из страны президент Э. Бенеш. Новым президентом в ноябре стал чех Эмиль Гаха, премьер-министром с 1 декабря – аграрий Рудольф Беран. В ноябре была запрещена КПЧ и самораспустились все политические партии. Буржуазные партии и НСП объединились в Партию национального единства, лидером которой стал Р. Беран. Усиливалась исполнительная власть. Президентские указы получали силу закона. Некоторые законодательные функции стали принадлежать правительству. Политические партии Словакии и Прикарпатской Руси стали активно требовать широкой автономии. Эти требования были удовлетворены. Специальный закон в ноябре 1938 г. вводил автономию Словакии и Закарпатской Украины в составе единой республики, которая стала называться Чехо-Словакия. Были сформированы национальные правительства – словацкое во главе с Й. Тисо и русинское во главе с А. Бродием. Были избраны национальные сеймы.
Тем временем Германия в феврале 1939 г. отказалась гарантировать чехословацкие границы и поощряла сепаратистские устремления Словацкой народной партии. В результате конфликта с центральным правительством автономное словацкое правительство было распущено, и в Словакии было введено военное положение. 13 марта Йозеф Тисо по требованию Гитлера объявил Словакию «независимым государством». В Берлин был вызван президент Э. Гаха. Там он подписал ультиматум о вручении судьбы Чехословакии в руки Рейха. 14 марта Венгрия оккупировала всю Закарпатскую Украину. 15 марта немецкие войска оккупировали Чехию. Она вошла в состав Германии в качестве «рейхспротектората Богемия и Моравия». Рейхспротектором БиМ был назначен бывший мид Германии (в 1932-38 гг.) Константин фон Нейрат – с 1939 по 1943 гг. Словакия объявлялась «независимой республикой» во главе с профашистским режимом Й. Тисо. Она была взята «под охрану» Германией. Чехословацкое государство перестало существовать. Великобритания и Франция выразили устный протест.
Э. Бенеш в эмиграции в Париже возглавил Чехословацкий Национальный комитет в 1939-40 гг., после капитуляции Франции он переехал в Лондон. Там было образовано чехословацкое национальное правительство в эмиграции. В июле 1940 г. Э. Бенеш был снова избран президентом ЧСР (до осени 1948 г.).