Несмотря на то, что этот вопрос не вошел в повестку I Съезда народных депутатов, проблемы совершенствования основ конституционного надзора в Федерации стали предметом дискуссии в рамках обсуждения выступления заместителя Председателя Верховного Совета РСФСР Б. М. Исаева об изменениях и дополнениях в Конституции (Основном Законе) РСФСР. Ориентируясь на Декларацию о государственном суверенитете РСФСР, докладчик предложил расширить компетенцию Комитета конституционного надзора в части представления им Съезду заключения о соответствии Конституции не только законопроектов, но и принятых законов и других актов. В качестве новации была высказана идея отнести к полномочиям Комитета дачу заключений о соответствии Конституции и законов РСФСР международным, договорным и другим обязательствам. Предлагалось расширить и круг субъектов, по поручению которых Комитет давал бы заключения. Таким правом наделялись почти все субъекты законодательной инициативы, а также не менее одной пятой части членов Верховного Совета РСФСР. Комитет мог бы и по собственной инициативе представлять заключения о соответствии Конституции и законам РСФСР актов высших органов государственной власти и управления РСФСР и других органов, образуемых или избираемых Съездом народных депутатов РСФСР и Верховным Советом РСФСР, за исключением актов, принятых Съездом народных депутатов РСФСР. Заключение Комитета могло быть отклонено лишь решением Съезда народных депутатов, принятым двумя третями голосов от общего числа народных депутатов РСФСР.
В прениях по докладу Б.М. Исаева были выдвинуты предложения как о дальнейшем расширении, по сравнению с проектом, компетенции Комитета конституционного надзора РСФСР, особенно в сфере взаимоотношений с Союзом ССР, так и о переносе подробной регламентации статуса Комитета из Конституции в Закон о конституционном надзоре. Говорилось и об учете интересов автономных образований при избрании ККН РСФСР, определении его состава и компетенции.
Более осторожно к этой проблеме подходил Б.Н. Ельцин. В своем программном выступлении 28 мая 1990 года в качестве кандидата на пост Председателя Верховного Совета РСФСР он в числе необходимых мер в сфере государственного строительства обозначил необходимость принятия Закона о Конституционном комитете (или Суде) России, то есть в принципе он не исключал альтернативу в выборе специализированной организационно-правовой формы правовой защиты Конституции. Однако 28 мая в своей речи Б.Н. Ельцин подтвердил, что Комитет конституционного надзора, который создан на союзном Съезде, будет создан у нас, проявив "колебания" в выборе такой формы.
В итоге I Съезд народных депутатов РСФСР не сформулировал принципиального отношения к конституционному надзору (контролю), что предопределило возможность дальнейшего обсуждения и разработки этого вопроса в следующих направлениях:
1) выбора оптимальной для России организационно-правовой формы конституционного надзора либо контроля;
2) определения порядка формирования органа судебного конституционного контроля и его компетенции;
3) определения его места в системе институтов государственной власти и судебных органов
Еще в августе-сентябре 1990 года в тексте проекта Конституции РФ появляется глава «Судебная власть». Это было шагом вперед по сравнению с употреблявшимся прежде термином «правосудия» (восстановить который почему-то предлагалось в президентском проекте весной 1993 года). Судебная власть подчинялась Конституции и закону, а ее внутреннее разделение заключалось в том, что конституционный Суд выделялся из общей судебной системы. Далось это в нелегких спорах с Б. А. Золотухиным и другими сторонниками создания единого Верховного Суда по образцу США.
Создание специального конституционного суда - одним из первых обосновал народный депутат РСФСР Р.И. Пименов (г. Сыктывкар). В направленной им 30 июля 1990 года записке "Принципиальные механизмы в Конституции РСФСР" в рабочую группу Конституционной комиссии был специальный параграф "Охрана Конституции", в котором предлагалась норма: "Всякий гражданин имеет право возбудить в специальных конституционных судах дело о несоответствии того или иного закона Российской Федерации, так и местных законов территории, Конституции Российской Федерации". Создание Конституционного Суда, "избираемого парламентом, но действующего независимо от него", поддерживалось и в предложении М.П. Лебедева от 17 августа 1990 года, также переданном в рабочую группу Конституционной комиссии. Несколько позднее, 21 августа 1990 года, подобная идея была обоснована в разработанной народным депутатом СССР A.M. Оболенским Концепции Конституции Российской Федеративной Республики (РФР)", содержащей следующее положение: "Для контроля за соблюдением Конституции РФР и защиты конституционных прав и свобод граждан на паритетных началах Верховным Советом и Президентом избирается Конституционный Суд. Компетенцией Конституционного Суда является рассмотрение споров между Верховным Советом и Президентом в части соответствия Конституции РФР правовых актов, принятых одной из сторон, а также рассмотрение жалоб на действия государственных органов, если решения последних ущемляют конституционные права граждан".
И, наконец, подход, отражающий идею предоставления полномочий конституционного контроля судам общей юрисдикции, наиболее радикальным образом озвучил 20 августа 1990 года на третьем заседании рабочей группы Конституционной комиссии народный депутат Л.Б. Волков, аргументируя тезис, что любой суд вправе рассмотреть дело "из своего понимания конституционности иска", не приостанавливая его производство "до решения конституционного спора.
В сентябре-октябре 1990 года обсуждение проблемы специализированного конституционного надзора (контроля) было возобновлено на второй сессии Верховного Совета РСФСР в связи с рассмотрением, на первый взгляд, не связанных с ней вопросов о повестке дня сессии и Регламенте Верховного Совета РСФСР. Депутат В.В. Машков (г. Свердловск) внес "конкретное дополнение к пункту 12 повестки дня – о Законе РСФСР о федеративном устройстве РСФСР и Федеративном договоре", предлагая "включить туда пункт о создании Конституционного Суда РСФСР, поскольку нужен инструмент контроля за соблюдением Федеративного договора и Конституции Российской Федерации".
Хотя мнение депутата и не было поддержано, дискуссия по его предложению продолжилась через несколько заседаний, но уже при рассмотрении проекта Регламента Верховного Совета РСФСР, подготовленного Комитетом по законодательству. Заместитель председателя Комитета Ю.Д. Рудкин заявил: "Принятие Регламента: обусловливает необходимость внесения ряда изменений и дополнений в ныне действующую Конституцию: Термин "Комитет конституционного надзора РСФСР" необходимо заменить на "Конституционный Суд РСФСР": (Это) продиктовано тем, что, исходя из федерального устройства России, только Конституционный Суд может стать действенным арбитром в решении конституционных споров между субъектами федерации".
Однако его позиция не нашла полной поддержки. Одни депутаты, ссылаясь на то, что "решается кардинальный вопрос", считали, что он недостаточно обоснован. Другие сомневались в том, можно ли в Регламент "вносить такие понятия, как Конституционный Суд: и т.д., которые пока еще не приняты ни Верховным Советом, ни в Конституцию не внесены.
Таким образом к середине октября 1990 Конституционной комиссии РФСФР не только на официальном уровне, но и на экспорт на подготовительном не было единого либо преобладающего мнения об организационно-правовой форме судебного контроля. Лишь на четвёртом пленарном заседании Конституционной комиссии 12 ноября 1990 года было принято решение опубликовать в качестве рабочей основы проект Конституции Российской Федерации, предусматривающий единственный вариант главы 5.7 «Судебная власть» с учреждением Конституционного Суда.
Идея учреждения Конституционного Суда РСФСР к концу 1990 года стала доминирующей.
Завершающим этапом в учреждении Конституционного Суда РСФСР стала подготовка проекта Закона об изменениях и дополнениях Конституции РСФСР. Сначала работа над этим проектом велась вяло как в Конституционной комиссии, так и в Комитете Верховного Совета РСФСР по законодательству. Лишь за полмесяца до открытия Второго Съезда народных депутатов РСФСР была создана рабочая группа по подготовке проекта названного закона в составе М.А. Митюкова, Ю.Д. Рудкина, С.Н. Бабурина, В.Д. Мазаева. Этой группой был подготовлен проект Закона РСФСР "Об изменениях и дополнениях Конституции (Основного закона) РСФСР", которым предлагалось закрепить следующие нормы: избрание Конституционного Суда РСФСР Съездом народных депутатов РСФСР по представлению Председателя Верховного Совета РСФСР (п.12 ст.104) и о предоставлении Конституционному Суду права законодательной инициативы.
Однако детальная конституционная регламентация компетенции Конституционного Суда РСФСР не нашла поддержки в Секретариате Конституционной комиссии. Но последней совместно с Комитетом Верховного Совета РСФСР по законодательству удалось подготовить "компромиссный" вариант возможных к тому времени изменений и дополнений в Конституцию РСФСР.