Íàèáîëåå ñëîæíàÿ ïðîáëåìà â áþäæåòíîì óñòðîéñòâå – áþäæåòíûé ôåäåðàëèçì, ò.å. áþäæåòíûå âçàèìîîòíîøåíèÿ öåíòðà è ðåãèîíîâ.
Äîõîäíàÿ ÷àñòü òåððèòîðèàëüíûõ áþäæåòîâ, â ñîîòâåòñòâèè ñ çàêîíîäàòåëüñòâîì ÐÔ, äîëæíà ñîñòîÿòü èç çàêðåïëåííûõ è ðåãóëèðóþùèõ äîõîäîâ, äîòàöèé è ñóáâåíöèé, êðåäèòíûõ ðåñóðñîâ.
Çàêðåïëåííûå äîõîäû – ýòî äîõîäû, ïîñòóïàþùèå ïîëíîñòüþ â ñîîòâåòñòâóþùèå áþäæåòû. Íàïðèìåð, ïî äåéñòâóþùåìó çàêîíîäàòåëüñòâó çà áþäæåòàìè ñóáúåêòîâ Ôåäåðàöèè çàêðåïëåí íàëîã íà èìóùåñòâî ïðåäïðèÿòèé, çà ìåñòíûìè áþäæåòàìè – íàëîã íà èìóùåñòâî ôèçè÷åñêèõ ëèö.
Ðåãóëèðóþùèå äîõîäû – ñðåäñòâà, ïåðåäàâàåìûå èç âûøåñòîÿùåãî çâåíà áþäæåòíîé ñèñòåìû íèæåñòîÿùåìó áþäæåòó ñâåðõ çàêðåïëåííûõ äîõîäîâ äëÿ ïîêðûòèÿ åãî ðàñõîäîâ; çà÷èñëÿþòñÿ â ñîîòâåòñòâóþùèå áþäæåòû èñõîäÿ èç ðàçìåðîâ ïðîöåíòíûõ îò÷èñëåíèé, óñòàíàâëèâàåìûõ ïðè óòâåðæäåíèè âûøåñòîÿùåãî äîõîäîâ.
Äîòàöèè – ñðåäñòâà, ïåðåäàâàåìûå èç âûøåñòîÿùåãî áþäæåòà â òâåðäîé ñóììå äëÿ ñáàëíñèðîâàíèÿ íèæåñòîÿùèõ áþäæåòîâ ïðè èõ äåôèöèòå.
Ñóáâåíöèè – ñðåäñòâà, ïåðåäàâàåìûå èç âûøåñòîÿùåãî áþäæåòà íèæåñòîÿùèì áþäæåòàì íà ôèíàíñèðîâàíèå ñòðîãî öåëåâîãî ìåðîïðèÿòèÿ.  1999 ã. â ñîñòàâå ðàñõîäîâ ôåäåðàëüíîãî áþäæåòà îáðàçîâàí ôîíä öåëåâûõ ñóáâåíöèé â ñóììå 7 111 ìëí. ðóá., ñðåäñòâà êîòîðîãî íàïðàâëÿþòñÿ íà îáåñïå÷åíèå ôèíàíñîâîé ïîääåðæêè æèçíåîáåñïå÷åíèÿ ðàéîíîâ Êðàéíåãî Ñåâåðà è ïðèðàâíåííûõ ê íèì ìåñòíîñòåé ñ îãðàíè÷åííûìè ñðîêàìè çàâîçà ãðóçîâ äëÿ ñíàáæåíèÿ íàñåëåíèÿ, ïðåäïðèÿòèé è îðãàíèçàöèé ñîöèàëüíîé ñôåðû è æèëèùíî-êîììóíàëüíîãî õîçÿéñòâà è äð.
Êðåäèòíûå ðåñóðñû – ñðåäñòâà, ïåðåäàâàåìûå íà êðåäèòíîé îñíîâå, ò.å. îíè äîëæíû áûòü âîçâðàùåíû ñ ïðîöåíòàìè èëè áåç íèõ.
Ìåæáþäæåòíûå îòíîøåíèÿ.  1994ã. áûë ââåäåí íîâûé ìåõàíèçì ìåæáþäæåòíûõ îòíîøåíèé, ïðè êîòîðîì âàæíûì ðåãóëÿòîðîì èõ ñòàë âûñòóïàòü Öåëåâîé ôîíä ôèíàíñîâîé ïîääåðæêè ðåãèîíîâ. Ñðåäñòâà ýòîãî ôîíäà ðàñïðåäåëÿþòñÿ äëÿ âñåõ ðåãèîíîâ ïî åäèíîìó ïðèíöèïó.  1994ã. ýòîò ôîíä ôîðìèðîâàëñÿ â ðàçìåðå 22% ÍÄÑ çà ñ÷åò åãî äîëè, ïîñòóïàâøåé â ôåäåðàëüíûé áþäæåò, â 1995ã. – â ðàçìåðå 27% ÍÄÑ.  1996–1998ãã. Ôîíä ôîðìèðîâàëñÿ çà ñ÷åò 15% îáùåãî ðàçìåðà íàëîãîâûõ äîõîäîâ, ïîñòóïàþùèõ â ôåäåðàëüíûé áþäæåò çà èñêëþ÷åíèåì äîõîäîâ îò òàìîæåííûõ ïîøëèí, òàìîæåííûõ ñáîðîâ.
Ìåòîäèêà ôîðìèðîâàíèÿ Ôåäåðàëüíîãî ôîíäà ôèíàíñîâîé ïîääåðæêè ðåãèîíîâ ïîñòîÿííî ñîâåðøåíñòâóåòñÿ.  1999ã. âíåñåíû ïðèíöèïèàëüíûå èçìåíåíèÿ â ôîðìèðîâàíèå äàííîãî ôîíäà. Îíè ñîñòîÿò â òîì, ÷òî ñðåäñòâà òåððèòîðèàëüíûì áþäæåòàì âûäåëÿþòñÿ íà îñíîâå åäèíîé äëÿ âñåõ áþäæåòîâ ìåòîäîëîãèè, ó÷èòûâàþùåé: