В числе подготовительных мер Сперанский предлагал учреждение Сената законодательного из сенаторов по назначению государя, в котором министры присутствуют только с совещательным голосом, и Сената исполнительного, разделяющегося на две части - судную и управления, все действия которого должны быть гласными. Со временем Сенат законодательный необходимо было бы составить, по мнению Сперанского, по другой, "лучшей системе", основанной на представительстве или первородстве. Это последнее место (впрочем, зачеркнутое) показывает, что Сперанский еще колебался, какой системе отдать предпочтение: более демократической французской системе представительства или английской - с верхней палатой из наследственных пэров.
Император Александр впервые лично познакомился со Сперанским в 1806 г., когда Кочубей во время своих частых болезней начал посылать его с докладами вместо себя; государь немедленно оценил выдающиеся способности Сперанского. В следующем году, отправляясь в Витебск для осмотра 1-й армии, император Александр взял его с собой, что повело к еще большему сближению, и тогда же Сперанский был уволен из министерства внутренних дел с оставлением в звании статс-секретаря.
В 1808 г. он находился в свите государя во время его эрфуртского свидания с Наполеоном. Осенью того же года император Александр вручил Сперанскому разные прежние проекты государственных преобразований и нередко проводил с ним целые вечера в беседах и чтении сочинений, относящихся к этому предмету. Главные черты преобразования должны были состоять в следующем: 1) Законодательное собрание не будет иметь власти санкционировать свои собственные постановления, но его мнения, совершенно свободные, должны быть точным выражением народных желаний. 2) Члены судебного сословия будут свободно выбираться народом, но надзор за соблюдением судебных форм и охранение общественной безопасности будут лежать на правительстве. 3) Исполнительная власть должна принадлежать правительству, но, чтобы оно не могло исказить или уничтожить закон, необходимо сделать правительство ответственным перед законодательным собранием. Эти общие принципы были развиты и обоснованы во "Введении к уложению государственных законов", составленном Сперанским к осени 1809 г. По его проекту, политические права принадлежат, под условием владения собственностью, дворянству и среднему состоянию; к последнему принадлежат купцы, мещане, однодворцы и все крестьяне, владеющие недвижимой собственностью в известном количестве. Низшее состояние, в котором числятся помещичьи крестьяне, мастеровые, их работники и домашние слуги, должны иметь общие гражданские права, но не имеют прав политических. Переход из низшего класса в средний открыт всем, кто приобрел недвижимую собственность в известном количестве. Законодательное собрание носит название "государственной думы", которая составляется следующим образом. Каждые три года в волости из всех владельцев недвижимой собственности составляется собрание, - волостная дума, в которую казенные селения посылают одного старшину от 500 душ. Эта волостная дума выбирает депутатов в окружную думу (губерния делится на 2 - 5 округов). Окружная дума, кроме выборов членов окружного совета и окружного суда, выбирает депутатов в губернскую думу, а эта последняя, кроме членов губернского совета и губернского суда, выбирает депутатов в государственную думу из обоих состояний, имеющих политические права. Государственная дума собирается ежегодно без всякого созыва. Предложение и утверждение закона должно принадлежать одной державной власти, но ни один закон не может иметь силы без рассмотрения в государственной думе. Участие государственной думы требовалось также для издания постановлений о налогах и общих повинностях и для продажи и залога государственных имуществ. Дела предлагались государственной думе от имени державной власти одним из министров или членов государственного совета; но думе дозволялось возбуждать представления о государственных нуждах, об ответственности министров и о мерах правительства, нарушающих коренные законы. Судебная власть была предоставлена в первых трех инстанциях лицам выборным. Даже в высшей инстанции, в Сенате, державная власть должна была назначать членов не иначе, как из числа лиц, внесенных по выборам губернских дум в государственный избирательный список. Державная власть наблюдает за исполнением форм и обрядов через председателей, которые в двух низших инстанциях были выборные, но утверждались в первой - министром юстиции, а во второй - государственным советом, в Сенате же назначались державной властью из кандидатов, выбранных самим Сенатом. Закон должен был определить, какие дела подлежат суду присяжных. Что касается власти исполнительной, то Сперанский устанавливает ответственность министров перед государственной думой. Предание суду министра могло состояться только с утверждения державной властью постановления о том государственной думы. В государственном совете рассматриваются проекты законов, уставов и учреждений. Предполагалось осуществить этот план в следующей постепенности: 1 января 1810 г. открыть государственный совет в новом виде, указав как предлог к его преобразованию приготовленный новый проект гражданского уложения и стесненное положение финансов. 1 мая манифестом назначить выбор депутатов в Государственную думу и открыть ее 1 сентября. Начать действия ее с рассмотрения гражданского уложения, испытать и подготовить известным образом депутатов, и если не встретится каких-либо непреоборимых препятствий, предложить им государственное уложение, признание которого и утвердить общей присягой, а затем приступить и к устройству судебной части.
1 января 1810 г. был открыт в преобразованном виде Государственный совет, но далее не пошло исполнение вышеуказанной программы. При преобразовании министерств в 1811 г. не были осуществлены предположения Сперанского об ответственности министров. Что касается Сената, то Сперанский предполагал образовать Сенат правительствующий, один для всей империи (из министров, их товарищей и главных начальников отдельных управлений) и Сенат судебный (состоящий из сенаторов, назначаемых государем или непосредственно, или из кандидатов, выбранных дворянством), который должен был разместиться по четырем судебным округам. При рассмотрении этого проекта в Государственном совете слышались возражения, что назначение сенаторов по выбору противоречит духу самодержавия, и хотя проект этот был принят большинством и утвержден государем, но осуществлен не был. Планы Сперанского встретили со стороны многих энергическое противодействие, и выразителем мнений его противников явился Карамзин: в своей "записке о древней и новой России", врученной государю 18 марта 1811 г., он утверждал, что государь не имеет даже права ограничить свою власть, потому что Россия вручила его предку самодержавие нераздельное. Кроме выработки плана общих государственных преобразований, Сперанский исполнял и множество других работ и обязанностей. В конце 1808 г. он был назначен товарищем министра юстиции, и его специальному наблюдению была вверена комиссия законов. Не имея надлежащей юридической подготовки, Сперанский решился, однако, прямо приступить к составлению нового гражданского уложения, причем в значительной степени пользовался кодексом Наполеона. Профессор Пахман, указывая на то, что Сперанского упрекают в заимствованиях из французского кодекса, признает, что "упрек этот не безоснователен", но вместе с тем указывает на то, что "основные рубрики" его проекта гражданского уложения "не вполне совпадают с главными делениями французского кодекса. Правда, первая часть проекта по системе близко подходит к первой книге французского кодекса не только в целом, но и в частностях, но части, говорящие об имуществах и договорах, далеко не вполне совпадают с другими, последними книгами Наполеонова кодекса". По словам профессора Сергеевича, "весь этот труд Сперанского был плодом подражания французскому законодательству, многие статьи были прямо переведены с французского оригинала". Две части проекта Сперанского были рассмотрены в Государственном совете в 1810 г., на общем собрании которого государь при этом всегда лично председательствовал; но решено было вновь пересмотреть их в исправленном виде, а в 1815 г., после нового пересмотра, решено было сначала составить и напечатать систематический свод действующих законов.
Если консерваторы, в роде Карамзина и Ростопчина, были недовольны планами политических преобразований Сперанского, то аристократия и чиновничество были крайне раздражены выработанными им двумя указами 1809 г.: 1) о придворных званиях и 2) об экзаменах на гражданские чины. Со времени Екатерины II звания камер-юнкера и камергера, хотя бы кто получил их и в колыбели, давали прямо чины: первое - 5-го, второе - 4-го класса, и таким образом, являлась возможность для молодых людей знатных фамилий, вступая на действительную службу, занимать прямо высшие места без необходимой подготовки. Указ 3 апреля 1809 г., издание которого было решено государем по предложению Сперанского, положил конец такому неправильному порядку; им повелевалось: имевшим уже звание камергеров и камер-юнкеров, которые не состояли в военной или гражданской службе, избрать в течение двух месяцев род действительной службы, а впредь эти звания, при пожаловании их вновь, считать отличиями, не приносящими никакого чина. Через четыре месяца, при окончательном распределении камергеров и камер-юнкеров по разным ведомствам и должностям, было подтверждено: всех остальных, не изъявивших желание поступить на службу, считать в отставке. Указом 8 августа того же года повелено было впредь никого не производить в чин коллежского асессора, хотя бы он и выслужил определенные лета, без предъявления свидетельства одного из русских университетов о том, что представляемый к производству успешно окончил в нем курс или выдержал особый экзамен. Такое же университетское свидетельство установлялось и для производства в статские советники, с тем еще, чтобы представляемый состоял на службе вообще не менее 10 лет и в это время не менее 2 лет занимал одну из особо поименованных должностей.