Федеральное агентство по недропользованию является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг и управлении государственным имуществом в сфере недропользования. Это агентство находится в ведении Министерства природных ресурсов РФ.
В установленной сфере деятельности Федеральное агентство по недропользованию осуществляет следующие полномочия: полномочия собственника в отношении федерального имущества, необходимого для обеспечения исполнения функций федеральных органов, государственной власти в сфере недропользования, в том числе имущества, переданного федеральным государственным унитарным предприятиям, федеральным государственным учреждениям и казенным предприятия, подведомственным Агентству; организует государственное геологическое изучение недр, экспертизу проектов геологического изучения недр, проведение в установленном порядке геолого-экономической и стоимостной оценки месторождений полезных, ископаемых и участков недр, проведение в установленном порядке конкурсов и аукционов на право пользования недрами, проведение государственной экспертизы информации о разведанных запасах полезных ископаемых, геологической, экономической информации о предоставляемых в пользование участках недр; осуществляет отнесение запасов полезных ископаемых к кондиционным или некондиционным запасам, а также определение нормативов содержания полезных ископаемых, остающихся во вскрышных, вмещающих (разубоживающих) породах, и отвалах или в отходах горнодобывающего и перерабатывающего производства, по результатам технико-экономического обоснования эксплуатационных кондиций для подсчета разведанных запасов; предоставление в пользование за плату геологической информации о недрах, полученной в результате государственного геологического изучения недр; выдачу заключений об отсутствии полезных ископаемых в недрах под участком предстоящей застройки и разрешения на осуществление застройки площадей залегания полезных ископаемых, а также размещение в местах их залегания подземных сооружений; организационное обеспечение государственной системы лицензирования пользования недрами, учет поступающих заявок на получение лицензий, информирование о них органов исполнительной власти соответствующих субъектов РФ, принятие решений о предоставлении права пользования участками недр в установленном законодательством РФ порядке, принятие решений об утверждении итогов конкурсов или аукционов на право пользования участками недр в установленном законодательством РФ порядке, выдачу, оформление и регистрацию лицензий на пользование недрами, внесение изменений и дополнений в лицензии на пользование участками недр, а также переоформление лицензий, принятие, в том числе по представлению Федеральной службы по надзору в сфере природопользования и иных уполномоченных органов, решений о досрочном прекращении, приостановлении и ограничении права пользования участками недр; внесение представлений органу исполнительной власти субъекта РФ по конкретному размеру ставки регулярного платежа за пользование недрами по каждому участку недр, на пользование которым выдана лицензия; определение конкретного размере ставки регулярного платежа за пользование недрами по каждому участку, находящемуся на континентальном шельфе РФ, в исключительной экономической зоне РФ или за пределами Российской Федерации на территориях, находящихся под юрисдикцией Российской Федерации, а также арендуемых у иностранных государств или используемых на основании международного договора (если иное не установлено международным договором), в пределах минимальных и максимальных ставок, установленных законодательством Российской Федерации; рассмотрение и согласование проектной и технической документации на разработку месторождений полезных ископаемых; осуществляет ведение государственного кадастра месторождений и проявлений полезных ископаемых и государственного баланса запасов полезных ископаемых, обеспечение в установленном порядке постановки запасов полезных ископаемых на государственный баланс и их списание с государственного баланса; ведение государственного учета и обеспечение ведения государственного реестра работ по геологическому изучению недр, участков недр, предоставленных для добычи полезных ископаемых, а также в целях, не связанных с их добычей, и лицензий на пользование недрами; осуществляет экономический анализ деятельности подведомственных государственных унитарных предприятий и утверждает экономические показатели их деятельности, проводит в подведомственных организациях проверки финансово-хозяйственной деятельности и использования имущественного комплекса.
Таким образом, можно отметить, что Федеральное агентство по недропользованию является самостоятельной структурной частью системы федеральных органов исполнительной власти. Его основные функции - управление государственным имуществом, оказание государственных услуг в сфере недропользования и осуществление других правоприменительных функций, за исключением функций по контролю и функций по нормативному правовому регулированию. Агентство осуществляет полномочия собственника в отношении федерального имущества, необходимого для обеспечения исполнения функций федеральных органов государственной власти в сфере недропользования, и том числе имущества, переданного федеральным государственным унитарным предприятиям, федеральным государственным учреждениям и казенным предприятиям. Агентство организует деятельность подведомственных предприятий и организаций, утверждает экономические показатели их деятельности; осуществляет выдачу, оформление и регистрацию лицензий; ведет государственный кадастр месторождений и проявлений полезных ископаемых; ведет государственный учет работ по геологическому изучению недр.
Федеральная служба по надзору в сфере природопользования является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю надзору в сфере природопользования, в том числе и недропользования. Эта служба в области недропользования наделена следующими полномочиями: осуществляет контроль и надзор за геологическим изучением, рациональным использованием и охраной недр; за рациональным использованием минеральных и живых ресурсов на континентальном шельфе; выдаёт в установленном порядке лицензии (разрешения) на экспорт коллекционных материалов по минералогии и палеонтологии, полудрагоценных камней и изделий из них; экспорт информации о недрах по районам и месторождениям топливно-энергетического и минерального сырья, расположенным на территории Российской Федерации, и в пределах континентального шельфа и морской зоны Российской федерации; создание, эксплуатацию и использование искусственных островов, сооружений и установок, проведение буровых работ, связанных с геологическим изучением, поиском, разведкой и разработкой минеральных ресурсов, а также прокладку подводных кабелей и трубопроводов во внутренних морских водах, территориальном море Российской Федерации и на континентальном шельфе Российской Федерации в пределах своей компетенции.
В целях реализации полномочий в сфере недропользования Федеральная служба по надзору в сфере природопользования имеет право организовывать проведение необходимых исследований, испытаний, экспертиз, анализов и оценок, а также научных исследований по вопросам осуществления контроля и надзора в рассматриваемой сфере, применять предусмотренные законодательством РФ меры ограничительного, предупредительного и профилактического характера, направленные на недопущение и (или) ликвидацию последствий, вызванных нарушением юридическими лицами и гражданами обязательных требований в установленной сфере деятельности, с целью пресечения фактов нарушения законодательства РФ.
Помимо органов исполнительной власти, входящих в систему Министерства природных ресурсов РФ, в осуществлении функций государственного управления недропользованием принимают участие и иные органы государственной власти.
Полномочиями в сфере государственного управления недропользованием наделена и Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору. Положение об этой службе утверждено Постановлением Правительства РФ от 30 июля 2004 г. Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору является федеральным органом исполнительной власти, руководство которым осуществляет Правительство РФ.
В соответствии с Положением Служба является органом государственного горного надзора и осуществляет контроль и надзор за безопасным ведением работ, связанных с пользованием недрами, с целью обеспечения соблюдения всеми пользователями недр законодательства РФ, утвержденных в установленном порядке стандартов (норм, правил) по охране недр (в пределах своей компетенции), по безопасному ведению работ, а также с целью предупреждения и устранения их вредного влияния на население, окружающую среду, здания и сооружения; осуществляет лицензирование деятельности по эксплуатации пожароопасных производственных объектов в части, касающейся деятельности по эксплуатации объектов, на которых ведутся подземные и открытые горные работы по добыче и переработке полезных ископаемых, склонных к самовозгоранию, а также работы на других горных объектах, технология которых предусматривает ведение пожароопасных работ, в том числе не связанных с добычей полезных ископаемых; выдает разрешения на застройку площадей залегания полезных ископаемых в пределах горного отвода; согласовывает условия лицензий, технические проекты на пользование недрами, на разработку месторождений полезных ископаемых при их добыче и первичной обработке, материалов по созданию организаций горнодобывающей и перерабатывающей промышленности, предусматривающих использование природных ресурсов.