С 1960 года – кандидат богословия. Владыка Мануил становится архиепископом Куйбышевским и Сызранским. В 1962 году он был возведён в сан митрополита. Митрополит Мануил – автор «Чина архиерейского погребения». Им составлено первое фундаментальное собрание биографических сведений о всех архиереях Русской Православной Церкви от Крещения Руси до 1965 г.
За своё короткое правление в Куйбышеве Владыка Мануил сумел расположить к себе паству. Митрополит Мануил умело старался наладить отношения и с властями, хотя это было очень непросто. В ноябре 1965 года отец Мануил уходит на покой. Удалён был владыка Мануил под давлением спецорганов Совета по делам религии. Уходя на покой, он вверил самарскую епархию своему любимому ученику – владыке Иоанну (впоследствии митрополиту Петербургскому и Ладожскому). Митрополит Куйбышевский и Сызранский Мануил умер 12 августа 1968 года. Митрополит Пимен дал яркое определение того глубокого значения, которое имела эта смерть: «Когда я уезжал сюда, Святейший Патриарх Алексий сказал мне: «На церковном небосклоне зажглась новая звезда праведника». Уже после смерти митрополита официально зарегистрировано шестнадцать случаев чудесной помощи самарского архиерея. Научную ценность его церковно-исторических трудов признают все. И все же комиссия по канонизации дала отрицательное заключение. Владыка Мануил был в конце 1920-х годов завербован органами государственной безопасности. С конца 20-х годов он являлся секретным сотрудником ГПУ, а потом НКВД. В те годы далеко не все смогли выдержать натиск репрессивных органов, не все смогли не сломаться под пытками и иными изощренными методами ведения следствия. И тем не менее известно, что в Государственном архиве Российской Федерации хранится интересный документ: список Архиереев, не приславших советскому правительству поздравлений с праздником Октябрьской революции. В их числе значится митрополит Мануил. Уполномоченный В.Х. Корчагин так характеризовал в своих донесениях в Москву владыку Мануила: «Мануил был и остаётся глубоко верующим человеком. Всю свою деятельность он направляет на усиление религиозного влияния на верующих».
Время обязательно всё расставит на свои места, и если это будет угодно Богу, то мы ещё не раз услышим о чудесной помощи людям самарского архиерея, что станет ещё одним подтверждением святости митрополита.