В первую же осень в Петербург прибыл голландский купеческий корабль. Судно с вином и солью направлялось в Нарву, но так как этот город в то время был осажден русскими войсками, то предприимчивый шкипер решил идти в Петербург и там продать свой товар. Петербургский губернатор Меншиков, хорошо знавший желания царя, принял этого первого торгового гостя из-за моря с необыкновенной щедростью. Весь товар был тотчас куплен за счет казны, шкиперу было подарено 500 золотых, а матросам по 15 русских рублей каждому. При этом голландцам обещали, что когда придет второй корабль, шкипер получит 300 золотых, а третье судно - 150 золотых. Об этих премиях сразу же сообщили для всеобщего сведения данцигские газеты.
Петр в то время был на Свири, торопясь с постройкой судов. В октябре он уже вывел оттуда в Неву целую флотилию, среди которой был даже большой фрегат. Теперь Петр мог осмотреть Финский залив, не опасаясь шведской эскадры. На шлюпке, среди плавающих льдин, он объехал кругом остров Котлин, и поняв его важное положение напротив невского устья, тщательно сам промерил глубину обоих фарватеров и выбрал место для постройки укрепления. Наблюдение за работами на Котлине царь поручил Меншикову, но модель укрепления взялся сделать сам. Ранней весной 1704 года там уже закипела работа: рубили из бревен ряжи, нагружали их камнем и опускали на дно. Пока еще держался лед, перетащили из Петербурга орудия и вооружили ими бастионы, защищавшие подступ с моря. В апреле все работы были закончены, и 4 мая Петр освятил новую крепость, назвав ее Кроншлотом.
Между тем шведы не оставляли надежды отбить у русских невские берега. Шведский король Карл XII, узнавший о строительстве Петербурга, сказал: "Пусть царь занимается пустой работой - строить города, а мы оставим себе славу брать оные". Но все попытки шведов как с моря, так и с суши, потерпели неудачи.
У Петербурга был еще один, не менее опасный враг - наводнения. Почва невского устья еще не была искусственно повышена, и даже при незначительном подъеме воды река затопляла острова. Наводнения начались с первых же лет. В ночь на 5 октября 1705 года Нева затопила даже левый берег, подмочила сложенные на адмиралтейском дворе припасы и разрушила много домов. В сентябре следующего года Петр был разбужен прибылью воды в своем домике на Петербургской стороне. Наводнение затопило "полковничьи хоромы", выстроенные для командиров полков; вода там доходила до 21-го дюйма (около 0,5 м) над полом, а по улицам везде ездили на лодках. Поэтому заботы Петра с самого начала были направлены на то, чтобы при застройке города укрепить и поднять почву и дать правильный сток водам. Этим объясняется множество каналов на первоначальном плане Петербурга.
Мало было желающих ехать в новую столицу, в "пустыни, обильныя, - по выражению современников, - только болотами и слезами". В 1705 году в Петербурге было всего 3000 жителей. Для заселения своего "парадиза" Петру пришлось издать указы о высылке со всей России на житье в столицу "людей всяких званий, ремесел и художеств, не убогих, таких, которые бы имели у себя торги, промыслы или заводы..." Все переселенцы должны были строить себе в Петербурге дома и жить в них безвыездно.
Первоначально город строился без всякого плана и на одной Петербургской стороне. Первыми улицами были Большая и Малая Дворянская, Посадская и смежные с ней улицы. При Петре I улицы были без названий, дома без номеров, так что приезжему в столице было очень трудно разыскать своих знакомых. Дома строились как попало, были деревянные, без дворов, низенькие, со входом прямо с улицы. Потолки протекали, а за большими обедами разгоряченные лица гостей охлаждались крупными каплями дождя. Когда по улице проезжал экипаж, из-за зыбкой почвы в домах начинали дрожать стекла и посуда. Пожар, истребивший в июле 1710 года обширный рынок и окрестные дома, дал понять, как необходимо строить дома на расстоянии друг от друга, и что очень важно правильно располагать улицы и кварталы.
Через несколько лет после закладки крепости первый архитектор новой столицы Доменико Трезини приступил к перестройке Петропавловской крепости в каменную. Итальянец по происхождению, родившийся в Швейцарии, ставший известным своими работами при дворе датского короля, он принял приглашение Петра и всю оставшуюся жизнь посвятил обустройству Санкт-Петербурга.
Крепость строилась и украшалась на протяжении всего XVIII века. Она - грозная и величественная. Высота бастионов достигает 12 метров, ширина доходит до 20. В царствование Екатерины II куртины и бастионы, обращенные к Неве, были облицованы крупными блоками серого гранита. За всю свою историю Петропавловская крепость не сделала ни одного боевого выстрела. Зато под ее прикрытием вырастала на невских берегах новая столица России.
Центральный остров Петроградской стороны с самого начала мыслился как центр "новопостроенного города". Об этом свидетельствует еще одно название острова - Городской остров. Его Троицкая площадь была раскрыта в сторону Невы, и берега которой возник первый морской порт. Центром площади стала деревянная Троицкая церковь, в которой не раз оглашались важные государственные указы. Именно в ней в честь окончания Северной войны Петр принял титул императора. Рядом с портом уже с 1705 года шумели торговые ряды, состоявшие из нескольких сотен деревянных лавок. Когда в 1710 году они сгорели, Петр распорядился построить недалеко от пожарища новый Гостиный двор. Это было обширное мазанковое строение в два яруса, крытое черепицей. Внутри него был большой двор. Лавки Гостиного двора выходили и на площадь и во двор. Гостиный двор был государев, и сборы с торговцев поступали в казну. Вне Гостиного двора никому не дозволялось ни складировать, ни продавать товар. В Гостином дворе расположилась и первая биржа. Троицкая площадь стала и местом народных гуляний по поводу очередных побед в Северной войне, и местом жестоких казней. Здесь били кнутом, выдирали языки, отрубали головы и водружали их на колья. Тела повешенных по много дней "украшали" площадь для устрашения воров и государственных преступников.
Вслед за Петербургской стороной стал застраиваться Васильевский остров. Петр приказал всем духовным и светским владельцам деревень, монастырям и дворянам строить там себе дома, которые надо было выстроить за три года, иначе они могли лишиться всего имения. Земли и лес для постройки раздавались бесплатно, но дома должны были строиться каменные; только бедные люди получали разрешение строить себе деревянные жилища, и то в переулках и задних улицах. Было построено несколько кирпичных заводов, которые производили несколько миллионов кирпичей в год. Улицы перед домами должны были быть вымощены и засажены липами. Первая постройка на Васильевском острове была начата Меншиковым. В его роскошных палатах был потом помещен кадетский корпус. От палат Меншикова шла длинная просека к морю - нынешний Большой проспект. Петр мечтал сделать Васильевский остров центром столицы; по его проекту Петербург должен был представлять нечто среднее между Амстердамом и Венецией: все 12 линий были прорезаны каналами; по этим каналам должны были приходить суда из Кронштадта прямо к бирже и к магазинам, а три поперечных канала должны были служить для удобного привоза жителям съестных припасов. Этими каналами Петр думал предохранить город от внезапных наводнений. На Малом и Большом проспектах были рынки, а в самом центре острова Петр. хотел развести хороший сад в версту длины и ширины; ближе к морю оставлены были луга для пастбищ. Но каналы прорыли значительно уже амстердамских. Царь, сильно раздосадованный, хотел все работы произвести вновь. Но это потребовало бы больших затрат: пришлось бы сносить дома и расширять каналы. Этот план так и остался невыполненным. Каналы потом были засыпаны.
На левом берегу Невы в 1704 году заложили Адмиралтейство. И уже через два года там строились суда и спускались на реку. Здание Адмиралтейства представляло из себя небольшую башню со шпилем. Все место было окружено небольшим земляным валом. Возле Адмиралтейства развели парк, а за парком, на пустыре, Петр заложил в 1707 году деревянный собор в память святого Исаакия Далматского. Невдалеке были дома служащих морского ведомства и жилища иностранцев. Все постройки возводились наскоро, из тонких бревен, густо обмазанных глиной, а крыши - крыты дерном.
Все пространство левого берега Невы было еще покрыто лесом, только кое-где встречались мелкие села в 2-3 дома. Братия Александро-Невского монастыря, который был основан в 1710 году там, где когда-то Александр Невский победил шведов, начала устраивать прямую дорогу к Адмиралтейству по непроходимому болоту в ивняке - это нынешний Невский проспект, или как его тогда называли - "Невская перспектива". Каждый год загружалось это болото днищами барок, которые к следующей весне до того опускались в жидкую грязь, что надо было ставить новые днища. Так как движение по проспекту было очень оживленное, канавы, прорытые по сторонам дороги засыпались. Все это требовало расходов, поэтому Петр велел брать с каждого верхового по Невскому проспекту по одному алтыну, с телеги 5 копеек, с кареты -гривну. Тогда на Невском не было еще ни одного дома.