На формы организации партизанских сил и способы их действий влияли физико-географические условия. Обширные леса, болота, горы являлись основными районами базирования партизанских сил. Здесь возникли партизанские края и зоны, где могли широко применяться различные способы борьбы, в том числе открытые бои с противником. В степных же районах крупные соединения успешно действовали лишь в ходе рейдов. Находившиеся здесь постоянно небольшие отряды и группы обычно избегали открытых столкновений с врагом и наносили ему ущерб главным образом диверсиями.
В ряде районов Прибалтики, Молдавии, южной части Западной Украины, которые только в 1939—40 вошли в состав СССР, гитлеровцам удалось через буржуазных националистов распространить своё влияние на некоторые слои населения. Поэтому крупные партизанские формирования не могли длительно базироваться в одном районе и действовали главным образом рейдами. Существовавшие здесь небольшие партизанские отряды и подпольные организации вели главным образом диверсионно-разведывательные действия и политическую работу.
Общее стратегическое руководство вооруженной борьбой партизанских сил осуществляла Ставка Верховного Главнокомандования, которая определяла основные задачи партизан на каждом этапе войны и в отдельных стратегических операциях и организовывала стратегическое взаимодействие партизан с Советской Армией. Непосредственное стратегическое руководство боевой деятельностью партизан осуществлял Центр, штаб партизанского движения (ЦШПД; начальник штаба П. К. Пономаренко) при Ставке, созданный 30 мая 1942 и существовавший до начала 1944.
Центральному штабу были подчинены в оперативном отношении республиканские и областные штабы П. д., которые возглавляли секретари или члены ЦК компартий республик, крайкомов и обкомов: на Украине — Т. А. Строкач, в Белоруссии — П. 3. Калинин, в Литве — А. Ю. Снечкус, в Латвии — А. К. Спрогис, в Эстонии — Н. Г. Каротамм, в Карелии — С. Я. Вершинин, в Ленинградской обл.— М. Н. Никитин, в Орловской обл.— А. П. Матвеев, в Смоленской обл.— Д. М. Попов, в Ставропольском крае—М. А. Суслов, в Крымской АССР — В. С. Булатов и др. Штабы П. д. подчинялись также Военным советам соответствующих фронтов. В тех случаях, когда на территории республики или области действовало несколько фронтов, при их Военных советах создавались представительства или оперативные группы республиканских и областных штабов П. д., которые, осуществляя руководство боевой деятельностью партизан в полосе данного фронта, подчинялись соответствующему штабу П. д. и Военному совету фронта. Укрепление руководства П. д. шло по линии улучшения связи партизан с «Большой землёй, совершенствования форм оперативного и стратегического руководства, улучшения планирования боевой деятельности. Если летом 1942 лишь около 30% партизанских отрядов, состоявших на учёте штабов П. д., имели радиосвязь с «Большой землёй» (из них 1/2 за счёт соседей), то в ноябре 1943 почти 94% отрядов поддерживали радиосвязь с органами руководства П. д., в том числе около 1|2 имели свои радиостанции. Создание штабов П. д. с чёткими функциями и улучшение связи с «Большой землёй» придавали П. д. всё более организованный характер, обеспечивали большую согласованность действий партизанских сил и способствовали улучшению их взаимодействия с войсками.
Большое внимание уделялось систематическому снабжению партизан оружием, боеприпасами, минно-подрывной техникой, медикаментами и др., эвакуации авиацией тяжелораненых и больных на «Большую землю». В 1943 только Авиацией дальнего действия и Гражданского воздушного флота было совершено свыше 12 тыс. самолётовылетов в тыл врага (половина из них — с посадкой на партизанские аэродромы и площадки).
Высокая насыщенность немецко-фашистских армий боевой техникой и их большая маневренность затрудняли для партии ведение открытых боёв. Это вызвало развитие средств, дававших возможность выводить из строя объекты противника, не вступая в столкновение с ним. Возникли разнообразные способы и формы партизанской борьбы, в том числе особое значение приобрели диверсионные действия.
При определении основного объекта боевой деятельности партизан партия учитывала большое значение транспортных средств и коммуникаций в войне. Огромная протяжённость путей сообщения и трудность их охраны давали возможность партизанам нарушать работу ж.-д., водного, автомобильного транспорта врага. Коммуникации, особенно ж.-д., стали основным объектом боевой деятельности партизан, которая по своему размаху приобрела стратегическое значение. Впервые в истории войн партизаны провели по единому замыслу ряд крупных операций по выводу из строя вражеских ж.-д. коммуникации на большой территории, которые были тесно связаны по времени и оборотам с действиями Советских Вооруженных Сил (операции 1943 «Рельсовая война» и «Концерт») и снизили пропускную способность ж. д. на 35—40%. Это срывало планы противника по накоплению материальных средств и сосредоточению войск, серьёзно затрудняло проведение перегруппировок.
Враг был вынужден отвлекать на охрану ж.-д. коммуникаций, протяжённость которых на оккупированной территории составляла 37 тыс. км, крупные силы. Как показал опыт войны, для организации даже слабой охраны ж. д. на каждые 100 км необходим 1 батальон, для сильной охраны — 1 полк, а иногда (напр., летом 1943 в Ленинградской обл.) гитлеровцы были вынуждены ввиду активных действий партизан выделять для охраны каждых 100 км ж. д. до 2 полков.
Важную роль имела разведывательная деятельность партизан. Тесная связь с местным населением и подпольными организациями позволяли партизанам держать под непрерывным наблюдением обширные территории в тылу врага и информировать советское командование о многих важных мероприятиях противника.
Политическую, боевую и разведывательную работу во вражеском тылу вели и подпольщики. В отличие от партизан, они боролись с оккупантами тайно, тщательно конспирируясь. Подполье обычно включалов себя руководящий центр и сеть подчиненных ему организаций или групп. Подпольные организации делились на мелкие группы, члены которых не знали о деятельности других групп. Часто создавались и боевые, разведывательные, диверсионные группы. Успешную боевую деятельность вели подпольщики Брянска, Вильнюса, Витебска, Ворошиловграда, Гомеля, Днепропетровска, Жлобина, Каунаса, Керчи, Киева, Кировограда, Краснодара, Кривого Рога, Кричева, Львова, Минска, Могилёва, Николаева, Новороссийска, Одессы, Орши, Полтавы, Пскова, Речицы, Риги, Рославля, Ростова-на-Дону, Севастополя, Симферополя, Смоленска, Таганрога, Харькова и других.
В ходе оборонительных сражений 1941 взаимодействие партизан с войсками Красной Армии осуществлялось преимущественно в тактических рамках и выражалось в основном в ведении разведки в интересах советских войск и проведении незначительных диверсий в тылу врага. В период зимнего наступления Красной Армии 1941—42 взаимодействие партизан с регулярными войсками расширилось. Партизаны наносили удары по коммуникациям, вражеским штабам и складам, участвовали в освобождении населённых пунктов, наводили советскую авиацию на вражеские объекты, содействовали воздушным десантам. Например, в январе 1942 в районе Знаменки смоленские партизаны освободили 40 сёл и деревень и оказали помощь 4-му воздушно-десантному корпусу при десантировании и ведении боевых действий. 15 февраля 1942 смоленскими партизанами был освобождён Дорогобуж, что способствовало выходу в этот район 1-го гвардейского кавал. корпуса. Взаимодействуя с частями 33-й армии, 1-го гвардейского и 11-го каваллерийского корпусов в Вяземской операции 1942, смоленские партизаны оказывали им помощь продовольствием, оружием, боеприпасами и пополнениями.
В летней кампании 1942 партизаны в интересах оборонит, операций Красной Армии решали следующие задачи: затруднение перегруппировок вражеских войск, уничтожение живой силы, боевой техники противника и срыв его снабжения, отвлечение сил врага на охрану тыла, разведка, наведение советских самолётов на цели, освобождение советских военнопленных. Действия партизан летом 1942 отвлекли 24 вражеские дивизии, в том числе 15—16 постоянно использовались на охране коммуникаций. В августе было произведено 148 крушений ж.-д. эшелонов, в сентябре— 152, в октябре— 210, в ноябре— 238. Однако в целом взаимодействие партизан с регулярными войсками носило ещё эпизодический характер и имело ограниченный размах. Перелом произошёл в 1943 благодаря улучшению руководства, связи и снабжения партизан. С весны 1943 систематически разрабатывались планы оперативного использования партизанских сил. В ходе зимнего наступления 1942—43, во время Курской битвы 1943, битвы за Днепр и в операциях по освобождению восточных р-нов Белоруссии партизаны активизировали действия в интересах наступающих советских войск. Во время операций под Ленинградом и Новгородом, на Правобережной Украине, в Крыму, Карелии, Белоруссии, на Западной Украине, в Прибалтике партизаны наносили мощные удары по тылам противника. Возросло значение тактического взаимодействия, поскольку наступление советских войск проходило через районы, где географические условия способствовали созданию противником прочной обороны (лесисто-болотистая местность Ленинградской и Калининской обл., Белоруссии, Прибалтики, северо-западной Украины). Именно здесь действовали крупные группировки партизан, которые, взаимодействуя с войсками, значительно помогли им преодолеть сопротивление врага. С начала наступления Советской Армии они срывали вражеские переброски войск, нарушали их организованный отход и управление и т. д. С приближением советских войск они наносили удары с тыла и содействовали прорыву обороны противника, отражению его контрударов, окружению вражеских группировок, овладению населёнными пунктами, обеспечивали открытые фланги наступающих войск. Борьба людей в тылу врага явилась ярким проявлением патриотизма.