На фоне этих неудач и потерь несколько выгоднее выглядели действия Владивостокского отряда крейсеров под командованием капитана 1-го ранга Н.К. Рейценштейна. В первом походе к берегам Японии - с 27 января по 1 февраля 1904 г. - «Россия», «Громобой», «Рюрик» и «Богатырь» потопили пароход «Наканоура-Мару» (1084 брт) с грузом риса. Второй поход крейсеров - с 11 по 17 февраля - к северо-восточным берегам Кореи с осмотром Гензана закончился безрезультатно. Зато он вызвал отделение от Соединённого флота эскадры вице-адмирала Камимура для демонстрации против Владивостока. 22 февраля броненосные крейсера «Идзумо», «Адзума», «Асама», «Якумо», «Ивате». бронепалубные крейсера «Касаги» и «Иосино» бомбардировали Владивосток, выпустив до 200 снарядов с «ничтожным результатом». Многие из японских снарядов не разрывались. Русские крейсера задержались с выходом в море и не оказали противодействия японцам, которые ушли безнаказанными. Бомбардировка показала также слабость береговой обороны Владивостока, в частности, неудачное расположение береговых батарей и пренебрежение применением минного оружия.
Временное разделение сил японского флота не было использовано русским командованием вследствие его неосведомленности о действиях противника и общей пассивности.
24 февраля 1904 года в Порт-Артур прибыл новый командующий эскадрой- вице-адмирал Степан Макаров.
Штаб С.О. Макарова возглавил контр-адмирал М.П. Молас. В числе офицеров штаба были такие выдающиеся специалисты, как флагманские артиллерист капитан 2-го ранга А.К. Мякишев, минёр капитан 2-го ранга К.Ф. Шульц, штурман подполковник А.А. Коробицын.
Оперативный план С.О. Макарова предусматривал подготовку к генеральному сражению с японским флотом. Для обеспечения успеха этого сражения предполагалось ускорить ремонт «Цесаревича» и «Ретвизана», а также присоединить Владивостокский отряд. Командовать отрядом С.О. Макаров послал контр-адмирала К.П. Иессена, которому поставил задачи отражения десантов на северо-востоке Корейского полуострова и демонстрационных действий у берегов Японии для отвлечения противника. При благоприятной обстановке Иессен должен был прорваться в Порт-Артур.
С.О. Макаров настаивал на усилении флота отрядом контр-адмирала А.А. Вирениуса, которого война застала в Красном море, а также миноносцами типа «Циклон» и моторными минными катерами. Миноносцы он предполагал разобрать и перевезти по железной дороге, а минные катера срочно заказать в одной из иностранных фирм. В этом вопросе С.О. Макарова поддержал главнокомандующий всеми морскими и сухопутными силами адмирал Е.И. Алексеев. Однако их надежды не оправдались: отряд А.А. Вирениуса решением генерал-адмирала был возвращён на Балтику.
«Цесаревич» и «Ретвизан», снятый с мели 24 февраля, исправлялись с помощью деревянных кессонов, подведенных под пробоины. Они могли вступить в строй не ранее, чем через три месяца и то благодаря приезду в Порт-Артур 189 мастеровых Балтийского завода во главе с талантливым корабельным инженером Н.Н. Кутейниковым. Несколько быстрее продвигался ремонт стоявшей в доке «Пал-лады». Состояние эскадренных миноносцев оставляло желать много лучшего. В марте 1904 г. в строй вступили «Страшный» и «Стройный», из 23 единиц в готовности к выходу в море находились не более трети. Организационные и технические мероприятия, проведённые по распоряжению командующего флотом, имели некоторый успех: в конце марта с эскадрой выходили 13 эскадренных миноносцев.
Также были проведены перестановки командного состава. Отличившегося на «Новике» капитана 2-го ранга Н.О. Эссена Макаров назначил командиром броненосца «Севастополь», а на его место поставил капитана 2-го ранга М.Ф. Шульца, старшего брата флагманского минёра. Командующим отрядом крейсеров стал прибывший из Владивостока капитан 1-го ранга Н.К. Рейценштейн, а заведующим 2-м отрядом миноносцев -капитан 2-го ранга М.В. Бубнов. На «Цесаревич» предполагалось назначить капитана 2-го ранга М.П. Васильева, а на «Пересвет» - специально вызванного из Шанхая капитана 2-го ранга Н. А. Кроуна. Несмотря на протесты главнокомандующего Е.И. Алексеева, ГМШ утвердил большинство назначений,но для этого Макарову пришлось пойти на угрозу сложения полномочий.
Вечером 25 февраля С.О. Макаров послал в разведку к островам Эллиот (80 миль от Порт-Артура) эскадренные миноносцы «Решительный» и «Стерегущий». Случилось так, что адмирал X. Того назначил на следующий день бомбардировку Порт-Артура, которую также хотел предварить ночной разведкой двух отрядов истребителей. Японские корабли были замечены из крепости,и против них был выслан отряд из 4 эскадренных миноносцев Матусевича.
В ходе ночного боя русским удалось атаковать первыми. Японские истребители «Касуми», «Асасио» и «Акацуки» получили до 20 попаданий и потеряли 14 человек экипажа. Однако ранение командира отряда Матусевича и тяжёлые повреждения «Выносливого» помешали развитию успеха. В темноте японцам увели потерявший ход «Акацуки».
«Решительный» и «Стерегущий», не обнаружив противника у архипелага Эллиот, возвращались в Порт-Артур и с рассветом 26 февраля обнаружили 4 японских истребителя. В завязавшемся бое «Решительному» удалось прорваться в Порт-Артур. «Стерегущий» получил попадание в машину, уменьшил ход и был окружён противником. В длившемся около часа бое на русском корабле были убиты все офицеры и большинство нижних чинов,вышли из строя все орудия. «Акебоно» получил 27 попаданий, «Сазанами» - 8, но оба остались в строю из-за слабого бризантного действия русских 75- и 47мм снарядов. Японцы попытались взять на буксир повреждённый корабль,но от полученных повреждений и открытых в машинном отделении кингстонам он вскоре ушёл под воду. Из 52 человек экипажа «Стерегущего» в живых осталось 4 матроса, трое из которых были ранены.
Макаров на крейсере «Новик» спешно отправился на помощь,но было уже поздно. Адмирал не успел спасти «Стерегущий» и вскоре вернулся в Порт-Артур, поскольку как к крепости подошли обе эскадры Соединённого флота вице-адмирала X. Того. Но сам по себе факт выхода командующего на «Новике» оказал огромное моральное воздействие на моряков, возродив надежды на победу в борьбе с коварным противником.
Утром 26 февраля шесть броненосцев X. Того впервые бомбардировали Порт-Артур, скрываясь за горой Ляотешань, где не было береговых батарей. В течение 3 час. 15 мин. они, сменяясь, выпустили 154 12" снаряда, повредив кессон «Ретвизана», вынужденного приткнуться к мели в Западном бассейне. Попадания также получили «Севастополь» и «Аскольд», но без серьёзных повреждений.
Вторая бомбардировка японским флотом Порт-Артура, предпринятая утром 9 марта, была сорвана не только ответным - «перекидным» огнём «Ретвизана» и «Победы», но и неожиданным для противника выходом российского Тихоокеанского флота в море. К 10 час. 30 мин. во главе с С.О. Макаровым (флаг на «Аскольде») на внешнем рейде оказались 7 броненосцев и крейсеров. Вице-адмирал X. Того с присоединением прервавших бомбардировку броненосцев «Ясима» и «Фудзи» (снаряд «Ретвизана» упал в 4 м от его носа) имел 18 кораблей. Однако японский главнокомандующий не решился атаковать русский флот, маневрировавший под прикрытием береговых батарей, и отступил.
В ночь на 14 марта японцы попытались затопить 4 парохода-брандера на фарватере Порт-Артура,но были обнаружены и вынуждены выброситься на берег.
Ночью 31 марта вспомогательный заградитель «Кориу-Мару» и 12 истребителей и миноносцев смогли выставить мины на внешнем рейде Порт-Артура,на этот же день планировалась новая бомбардировка.
По случайному стечению обстоятельств С.О. Макаров в ночь на 31 марта также планировал наступательную операцию: ночной поиск соединённых отрядов эскадренных миноносцев к островам Эллиот, где, по агентурным сведениям, собирались японские десантные силы. Восемь эскадренных миноносцев выполнили разведку,не обнаружили противника,но затем разлучились в темноте. Утром один из них- «Страшный» случайно наткнулся на 4 японских истребителя и принял их за своих. Когда на рассвете «Страшный» показал опознавательные, на него внезапно обрушился шквал огня. В первые же минуты боя погиб командир эскадренного миноносца капитан 2-го ранга К.К. Юрасовский. Неравную борьбу героического экипажа возглавил лейтенант Е.А. Малеев, который до последней возможности отстреливался из многоствольной пушки Норденфельдта, снятой ранее с японского брандера. Вскоре в минном аппарате «Страшного» от попавшего снаряда взорвалась приготовленная к выстрелу мина Уайтхеда, разметав по искалеченной верхней палубе убитых и раненых, миноносец начал тонуть. Японский отряд, использовав преимущество внезапности и подавляющее превосходство в силах, потерял всего 5 человек ранеными.
На выручку «Страшному» полным ходом направился крейсер «Баян», отогнавший японские истребители. При этом «Баян» вступил в бой с приближавшимися к Порт-Артуру броненосными крейсерами 2-й японской эскадры. Умело маневрируя под огнём противника, командир «Баяна» капитан 1-го ранга Р.Н. Вирен смог поднять из воды 5 матросов из экипажа затонувшего «Страшного», вместе с которым погибли все четыре офицера и 47 нижних чинов.
«Баян» повернул к Порт-Артуру, откуда навстречу японцам на «Петропавловске» вышел командующий флотом. С присоединением «Полтавы», «Баяна», «Аскольда» и «Новика», не дожидаясь выхода остальных броненосцев, С.О. Макаров атаковал японские крейсера. Вскоре «Петропавловск» открыл огонь из 12" орудий. Японцы отступили, но в 25 милях от Порт-Артура с мостика «Петропавловска» обнаружили главные силы Соединённого флота: 6 броненосцев и 2 новых броненосных крейсера («Ниссин» и «Касуга»).