Ввиду превосходства противника С.О. Макаров решил вернуться на внешний рейд, где в кильватер «Полтаве» вступили «Пересвет» и «Победа». «Севастополь» находился ещё на выходе из бассейна, когда русский флагманский корабль начал обычный маневр — «восьмёрку»: адмирал Макаров собирался принять бой под прикрытием береговых батарей.
В 9-39 «Петропавловск» подорвался на мине(или связке),в результате взрыва которой сдетонировал боезапас носовой башни ГК, и в течении 1,5-2 минут быстро ушёл носом под воду. Спасти удалось 80 человек, в том числе командира броненосца капитана 1-го ранга Н.М. Яковлева, капитана 2-го ранга великого князя Кирилла Владимировича и 5 других офицеров.
На «Петропавловске» погибли 650 человек, среди них были адмиралы С.О. Макаров и М.П. Молас, и такие выдающиеся офицеры флота, как М.П. Васильев, А.К. Мякишев, Н.А. Кроун и К.Ф. Шульц, а также ветеран многих войн и походов художник В.В. Верещагин, бывший на броненосце в качестве волонтёра (выпускник Морского корпуса 1860 г.).
Вскоре броненосец «Победа» также подорвался на мине, но остался на плаву и был уведён на внутренний рейд, русские корабли,подозревая атаку подводной лодки,открыли по воде шквальный огонь.
Японский флот,тем не менее,не воспользовался неразберихой и потерей двух броненосцев,и в 15 часов скрылся за горизонтом.
С гибелью «Петропавловска» и подрывом «Победы» в распоряжении адмирала Е.И. Алексеева, прибывшего 2 апреля в Порт-Артур для личного руководства флотом, оказалось всего 3 линейных корабля и сравнительно слабый «Баян» против 14 японских броненосцев и броненосных крейсеров. При таком соотношении сил активные действия могли привести к гибели остатков русского флота в неравном бою с противником. Поэтому Е.И. Алексеев, подняв флаг на «Севастополе» и назначив флаг-капитаном походного штаба Н.О. Эссена, избрал сугубо оборонительный образ действий, ожидая окончания ремонта повреждённых броненосцев.
8 апреля адмирал Е.И. Алексеев, желая активностью Владивостокского отряда отчасти компенсировать бездействие главных сил флота в Порт-Артуре, разрешил контр-адмиралу К.П. Иессену выполнить набег на Цуругу и Хакодате силами трёх крейсеров (без «Рюрика») с целью «мешать перевозке вражеского десанта, а перед этим совместно с миноносцами произвести осмотр корейского берега». 10 апреля «Россия», «Громобой», «Богатырь» и миноносцы № 205 и № 206 вышли в море и через два дня, счастливо разминувшись в тумане с крейсерами Камимуры, подошли к Гензану. В Гензане миноносцы потопили японский пароход «Гойо-Мару» (600 брт). В тот же день, 12 апреля, отряд К.П. Иессена перехватил в море и потопил другой пароход - «Хагинура-Мару», после чего адмирал отправил миноносцы во Владивосток. Ночью после досмотра был потоплен транспорт «Кинсю-Мару».
Успех русского крейсерского отряда был достигнут благодаря скрытности, обеспеченной не только туманом, но и полным радиомолчанием (приказание К.П. Иессена). Японцы, наоборот, пользовались радиотелеграфом, что позволило русскому командованию знать о присутствии противника в северной части Японского моря [7].
В ночь на 12 апреля японцы попытались в третий раз закупорить фарватер Порт-Артура. 12 пароходов отправились в штормовую погоду,командир решил отменить операцию,но сигнал увидели только три судна. Остальные восемь на входе в бухту попали под сосредоточенный огонь береговых батарей,канонерских ложок и торпедные атаки миноносцев. Все брандеры затонули вдали от фарватера,большая часть их экипажей погибла.
20 апреля вице-адмирал Того появился у Порт-Артура с главными силами флота. Русская эскадра осталась в гавани и японский главнокомандующий предположил, что закупорка окончилась успешно. Тем не менее, в соответствии с ранее принятым решением, для надёжного прикрытия высадки X. Того приказал начать непрерывную ближнюю блокаду Порт-Артура броненосцами днём и отрядами миноносцев ночью.
С 22 по 30 апреля силы японской 2-й армии беспрепятственно высадились на Квантунском полуострове. Е.И.Алексеев выехал на передовую,оставив командовать флотов контр-адмирала В.К. Витгефта.
Днем 1 мая 1904 г. минный транспорт «Амур» под командованием капитана 2-го ранга Ф.Н. Иванова, воспользовавшись туманом,поставил 50 мин заграждения на обычном маршруте японцев.
Утром 2 мая у Порт-Артура появился блокирующий отряд контр-адмирала Т. Насиба в составе броненосцев «Хацусе», «Сикисима» и «Ясима», крейсера «Касаги» и авизо «Тацута». В 9 час. 55 мин. флагманский корабль Т. Насиба - «Хацусе» кормой подорвался на мине, вода затопила рулевое отделение. Вскоре последовали два минных взрыва под броненосцем «Ясима», который потерял ход. Пытаясь спасти повреждённые корабли, японцы продолжали маневрировать в районе минного заграждения. В 11 час. 33 мин. «Хацусе» подорвался вторично. Взрыв мин, очевидно, вызвал детонацию кормовых погребов боезапаса и корабль стремительно затонул, унеся с собой 493 человека экипажа.
Несмотря на то, что первый взрыв под «Ясима» был замечен русскими наблюдателями с Золотой горы, контр-адмирал В.К. Витгефт проявил колебания и не воспользовался благоприятной возможностью нанести серьёзное поражение части сил японского флота. Несмотря на советы контр-адмирала М.Ф. Лощинского, командира «Полтавы» И.П. Успенского и некоторых других, он отказался послать в бой большие корабли.
В ночь на 2 мая в тумане крейсер «Иосино» был протаранен «Кассуга» и быстро затонул,погибло 335 человек. Вечером того же дня на камни выскочил авизо «Тацута»,которому потребовался длительный ремонт.
Ночью 4 мая в результате столкновения затонула канонерская лодка «Осима»([4],стр. 46). Вечером того же дня на русской мине погиб истребитель «Акацуки»
Эти потери привели к заметному снижению активности японского флота. 2 мая на камни у мыса Брюса сел крейсер «Богатырь». Корабль с мели снимали месяц, доковый ремонт занял ещё почти год,но важен тот факт,что японцы за месяц так и не уничтожили крейсер или хотя бы помешали его снятию.
Между тем, обстановка под Порт-Артуром осложнилась: 13 мая 2-я армия генерала Я. Оку атаковала войска генерал-майора А.В. Фока на передовой Кинджоуской позиции. Несмотря на огневую поддержку канонерской лодки «Бобр», японские войска прорвали левый фланг,после чего русские войска начали отходить к Порт-Артуру. Отступление русских войск позволило японцам занять город Дальний, портовые сооружения которого вскоре были использованы ими для выгрузки тяжёлого вооружения и снаряжения.
14 мая на камни у острова Мурчисон выскочил «Внимательный», другие 9 эсминцев из-за этого не смогли атаковать замеченные японские корабли.
31 мая «Россия», «Громобой» и «Рюрик» под командованием нового начальника эскадры вице-адмирала П.А. Безобразова вышли из Владивостока в Корейский проливши через двое суток буквально под носом у эскадры X. Камимуры атаковали японские войсковые транспорты. Были потоплены «Идзумо-Мару» и «Хитаци-Мару». Поражённый торпедами «Садо-Мару» японцам удалось спасти. На трёх транспортах противник потерял больше личного состава, чем в сражении при Вафангоу, где было убито и ранено 1163 человека.
10 июня встреча главных сил завершилась без открытия огня. Во время ночной атаки японских истребителей несколько из них были повреждены,но попаданий торпедами им добиться не удалось. Ночью этого же дня на мине подорвался броненосец «Севастополь»,ставший на 1,5 месяца на ремонт.
22 июня 1904 г. старый японский крейсер «Каймон», возвращаясь в маневренную базу, подорвался на русской мине у Саншандао и затонул.
13 июля 1904 г. в походе для обстрела позиций противника, кроме малых кораблей, принял участие отряд крейсеров капитана 1-го ранга Н.К. Рейценштейна: «Баян», «Паллада» и «Аскольд». В бою с эскадрой С. Катаоки «Баян» добился попадания снарядом в крейсер «Ицукусима». Во время возвращения русского отряда в Порт-Артур японский крейсер «Чиода» подорвался на мине, но остался на плаву. В.К. Витгефт своевременно узнал об этом, но из-за опасения минных заграждений отказался послать «Баян» для атаки противника, скованного поврежденным кораблём. «Чиода» благополучно дошел до островов Эллиот.
Для поддержания связи осаждённой крепости с главнокомандующим русским пришлось неоднократно рисковать посылкой курьеров на китайских джонках, а также использовать самый быстроходный 30-узловый эскадренный миноносец «Лейтенант Бураков». В июне этот корабль под командованием лейтенанта С.С. Долгобородова дважды благополучно прорывался в Инкоу и обратно. За эти подвиги С.С. Долгобородов после войны был награждён орденом Св. Георгия 4-й степени.
В ночь на 10 июля в бухте Тахэ минным катерам с броненосцев «Микаса» и «Фудзи» удалось торпедировать эскадренные миноносцы «Боевой» и «Лейтенант Бураков», который почти переломился пополам и выбросился на берег. «Боевой» удалось привести в Порт-Артур.
4.2 Сражение в Жёлтом море
(по [6],[7],[11])
25 июля установленные на Волчьих горах японские 120мм батареи впервые открыли огонь по порту и его бассейнам. Броненосцы «Пересвет», «Победа» и «Ретвизан» ответили обстрелом предполагаемых мест установки осадных орудий, но подавить их огонь не смогли. В 16 час. 15 мин. во флагманский «Цесаревич» попали два снаряда, один из которых поразил адмиральскую рубку. Контр-адмирал В.К. Витгефт и старший флаг-офицер его штаба лейтенант М. А. Кедров получили лёгкие ранения. Из находившихся рядом матросов один был убит и двое ранены.
27 июля в «Пересвет» попали два японских снаряда, а в «Ретвизан» - семь. Один из последних сделал подводную пробоину в носовой части броненосца, принявшего 400 т воды. Это повреждение было наскоро заделано железом и деревом, потому что эскадра экстренно готовилась к выходу в море, назначенному на 28 июля.