Среди основных функций полномочного представителя Президента Российской Федерации в федеральном округе необходимо выделить те, которые непосредственно указывают на взаимодействие с исполнительной властью, а именно: обеспечение координации деятельности федеральных органов исполнительной власти в соответствующем округе; организация взаимодействия федеральных органов исполнительной власти с органами власти субъектов Федерации и органами местного самоуправления, политическими партиями, иными общественными и религиозными объединениями; согласование проектов решений федеральных органов государственной власти, затрагивающих интересы федерального округа или субъекта Российской Федерации, находящегося в пределах этого округа; участие в работе органов государственной власти субъектов Российской Федерации, а также органов местного самоуправления, находящихся в пределах федерального округа; согласование кандидатур для назначения на должности федеральных государственных служащих и кандидатур для назначения на иные должности в пределах федерального округа, если назначение на эти должности осуществляется Президентом Российской Федерации, Правительством Российской Федерации или федеральными органами исполнительной власти.
Кроме координирующих функций, на полномочного представителя возложен контроль за исполнением федеральных законов, нормативно-правовых актов Президента и Правительства Российской Федерации; реализацией федеральных программ. Так, полномочный представитель наделен правом вносить Президенту Российской Федерации предложения о приостановлении действия актов органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, входящих в соответствующей федеральный округ, в случае противоречия их Конституции России, федеральным законам, международным обязательствам нашей страны или в случае нарушения прав и свобод человека и т.д.
Несмотря на такой большой объем полномочий и функций полномочного представителя Президента России, обозначенных в Указе Президента от 13 мая 2000 г., остается неясным правовой механизм их реализации. В соответствии с Конституции Российской Федерации исполнительная власть является самостоятельной ветвью власти, что предполагает недопустимость вмешательства в деятельность ее органов. В связи с этим наделение полномочного представителя Президента распорядительными функциями по отношению к федеральным органам исполнительной власти и их территориальным органам является по меньшей мере спорной. Так из нормативно-правовых актов, послуживших основой для создания института полпредства, очень трудно понять, в какую правовую форму должны облекаться действия по реализации его основных функций. Кроме того, остается до конца неясной степень подчиненности либо соподчиненности органов исполнительной власти по отношению к аппарату Полномочного Представителя Президента Российской Федерации.
Другой важной задачей полпредов является работа по разграничению полномочий между федеральным центром и регионами. Институт полномочного представителя Президента Российской Федерации в федеральном округе должен, по замыслу авторов его создания, обеспечивать реализацию конституционных полномочий главы государства. В соответствии с п.2 ст.80 Конституции РФ Президент РФ является гарантом Конституции РФ, принимает меры по охране государственной целостности РФ, обеспечивает согласованное функционирование и взаимодействие органов государственной власти и, согласно п.1 ст.85, может использовать согласительные процедуры для разрешения разногласий между органами государственной власти Российской Федерации и органами государственной власти субъектов Российской Федерации, а в случае недостижения согласованного решения он вправе передать разрешение спора на рассмотрение соответствующего суда. Непосредственная реализация данных конституционных положений находит свое развитие в Федеральном законе "Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации"[70]. В соответствии со ст.29 данного Закона Президент Российской Федерации вправе приостановить действие акта высшего должностного лица субъекта Российской Федерации (руководителя высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации), а также действие акта органа исполнительной власти субъекта Российской Федерации, в случаях указанных в этой статье, и, кроме того, согласно п.3 ст.29.1, Президент Российской Федерации отрешает высшее должностное лицо субъекта Российской Федерации (руководителя высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации) от должности в случае непринятия указанным лицом в пределах своих полномочий мер по устранению причин, послуживших основанием для вынесения ему предупреждения Президентом России. Кроме того, в настоящее время в Госдуму внесены поправки к данному Закону, которые отражают общую тенденцию централизации системы государственного управления. Так, в соответствии с ними в случае неисполнения органами государственной власти субъектов Российской Федерации своих полномочий, а также в иных обозначенных в Законе случаях федеральные органы государственной власти наделяются правом временно осуществлять полномочия органов государственной власти субъектов Федерации. Кроме того, одна из групп поправок уточняет статус главы региона и вносит "пункт о назначении Президентом России врио главы региона в случае прекращения полномочий предыдущего губернатора"[71].
Таким образом, институт полномочного представителя Президента РФ, "как структура, созданная для "обеспечения реализации конституционных полномочий главы государства в пределах соответствующего федерального округа"", и в соответствии с функциями, обозначенными в Указе Президента, обретает реальные очертания одного из звеньев активно формируемого в настоящие время института федерального вмешательства. В связи с этим необходимо отметить и то, что неурегулированность правового механизма реализации полномочий полпредов отражается и на этой проблеме. Как отмечает Ю.А. Тихомиров, "для анализа, оценки и разрешения федеральных противоречий надо четко определить компетенцию органов государственной власти по разрешению юридических коллизий между органами государственной власти Российской Федерации и органами государственной власти субъектов Федерации"[72].
Дело в том, что федеральным законодательством Правительство Российской Федерации тоже наделено правом вносить предложения Президенту России о приостановлении действия актов органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации в случаях, предусмотренных данным Законом. Таким образом, налицо дублирование этой функции федерального правительства с аналогичной функцией полномочного представителя Президента Российской Федерации в федеральном округе. Представляется, что такое дублирование может отрицательно сказываться на функционировании исполнительной власти Российской Федерации как единой системы.
Другой немаловажной функцией полпредов является организация проведения согласительных процедур. Однако нынешние тенденции развития государственности и построение вертикали власти, осуществляемые Президентом Российской Федерации В.В. Путиным, позволяют согласиться с мнением тех ученых, которые считают, что "целесообразно использовать такой порядок взаимодействия с теми органами государственной власти субъектов Федерации, которые выразят действительное стремление в процессе обсуждения существующих коллизий между конституцией республики и Конституцией России прийти к договоренностям об устранении противоречий, на основании которых будут изменены или исключены соответствующие республиканские конституционные нормы"[73].
В современной научной литературе, посвященной эффективности государственного управления, нередко критикуется многосубъектность Российской Федерации, в связи с чем предпринятые меры по созданию федеральных округов рассматриваются как важный шаг к созданию на их основе новых субъектов Федерации. С другой стороны, создание единой системы исполнительной власти является механизмом объединения усилий и ресурсов региональных администраций и правительств в целях повышения эффективности государственного управления России в целом. Однако необходимо учитывать и то обстоятельство, что многоуровневая система органов исполнительной власти и как следствие чрезмерная бюрократизация государственного управления могут привести к снижению эффективности и качества управленческих решений. Такое предостережение нередко подчеркивается в научной литературе. Речь идет о попытках придания институту полномочного представителя Президента России в федеральном округе статуса автономного субрегионального органа государственной власти с возможным утверждением бюджетов для каждого из семи федеральных округов. Речь идет о том, что формирование единой системы исполнительной власти невозможно без определения "статутных характеристик исполнительных органов", так как "управление в государстве зависит от четкого разграничения компетенции субъектов управления, сочетания разнообразных форм распределения их полномочий, сохранения баланса самостоятельности и подконтрольности различных органов в рамках таких форм распределения функций органов управления, как централизация и децентрализация, деконцентрация, субсидарность и др."[74].