Преемственность новой организации, подчеркнутая в Учредительном акте АС[71], выражается в готовности глав государств и правительств стран-членов содействовать единству, солидарности, сплоченности и сотрудничеству между народами и государствами Африки. Основными задачами АС провозглашены ведение диалога с мировым сообществом с единых позиций (в том числе принятие решений, которые будут способны отвечать на вызовы экономической глобализации), защита суверенитета, территориальной целостности государств-членов, содействие поддержанию мира, безопасности и стабильности на континенте, эффективное разрешение региональных конфликтов. Основное отличие АС от ОАЕ состоит в том, что основным приоритетом деятельности новой организации провозглашается экономическая интеграция. ОАЕ же в качестве главной задачи для принятия коллективных мер по защите национальной независимости и территориальной целостности молодых африканских государств рассматривала политическую интеграцию. В мировой истории немало примеров интеграции, основанной на сближении экономических интересов, и такой путь представляется наиболее эффективным для решения многочисленных проблем африканской действительности. Принятое Союзом решение оказывать содействие развитию интеграционных процессов, опираясь на уже действующие политико-административные объединения юга и севера континента, Западной и Восточной Африки, свидетельствует о понимании главами государств проблем, с которыми придется столкнуться на длинном и нелегком пути и готовности к их преодолению. Одним из основополагающих принципов деятельности АС провозглашено уважение государственных границ государств-членов организации, которые существовали на момент получения ими независимости[72]. Это представляет особую актуальность для стран Африканского континента, так как опасность возможного разжигания местными элитами и ТНК территориальных споров, межэтнических конфликтов, сепаратистских настроений и организации государственных переворотов с целью контроля над залежами полезных ископаемых (особенно в приграничных районах) остается вполне реальной. Военные перевороты в Гамбии, Заире, Кот-д'Ивуаре, Нигере, Руанде, Сьерра-Леоне и др. странах, оказавшие влияние на соседние государства, - яркое тому подтверждение. В Учредительном акте АС акцентируется внимание на взаимозависимости государств-членов. Предусматривается также право Союза на основании решения Ассамблеи глав государств и правительств (принятом 2/3 голосов) на прямое (в том числе вооруженное) вмешательство во внутренние дела государства-члена в случае возникновения на его территории геноцида, военных преступлений и преступлений против человечества. Принципиально новым является положение, согласно которому к участию в работе АС не допускаются представители правительств, пришедших к власти неконституционным путем. В Учредительном акте определен также комплекс мер по обеспечению выполнения решений Ассамблеи АС, в том числе введение политико-экономических санкций (лишение права голоса на Ассамблее, прекращение транспортных и телекоммуникационных связей и др.), применение которых будет содействовать воплощению в жизнь коллективных решений. Выполнение новых положений должно способствовать повышению политической ответственности африканских лидеров. Высший орган Африканского союза - Ассамблея глав государств и правительств. Высшим исполнительным органом является Комиссия АС. Председатели АС и Комиссии АС избираются на годичный срок. В Учредительном акте закреплена сложившаяся еще в ОАЕ традиция избрания на пост председателя всеафриканской организации на следующий срок президента государства, где проводился саммит. Кроме Ассамблеи АС, предусмотрено создание Всеафриканского парламента (ВАП) и Суда союза. В структуру АС входят также Африканский валютный фонд, Африканский центральный банк, Африканский инвестиционный банк, а также образуемые Ассамблеей специализированные технические комитеты, Союз по вопросам экономики, социальной политики и культуры (совещательный орган, состоящий из представителей различных неправительственных организаций и профессиональных групп). До 2005 должны быть сформированы региональные многонациональные войска, а единые африканские войска - к 2010. Размещение штаб квартиры ВАП планируется на территории ЮАР или Ливии, а Африканского суда - на территории Маврикия, Нигерии или Судана. Пять из восьми членов Комиссии АС (комиссаров) - женщины. Положение о Всеафриканском парламенте предусматривает введение в состав представительства от каждой африканской страны (по пять депутатов) двух женщин. АС призван заменить не только ОАЕ, но и Африканское экономическое сообщество (АЭС), которое должно было противостоять негативным аспектам глобализации путем содействия социально-экономическому развитию Африки. Определение принципов, целей и стратегии развития АЭС длилось с 1976 по 1989. Процесс достижения экономической интеграции в рамках АЭС был рассчитан на 34 года и предусматривал шесть этапов. Сама организация была создана в 1991, но ее деятельность не принесла существенных практических результатов. Второй саммит АС состоялся 9-12 июля 2003 в столице Мозамбика г. Мапуту. Помимо выборов Председателя АС и его заместителей, рассматривались вопросы по интеграции в структуру Союза программы НЕПАД и формирования Совета мира и безопасности (СМБ). Председателем АС на 2003-2004 был избран президент Мозамбика Жоаким Чиссано, а председателем Комиссии АС - бывший президент Мали Альф Умар Конаре.
Возрождение идеи африканского единства, которое реализовалась в форме создания Африканского союза, шло практически параллельно с разработкой концепции "Африканского ренессанса", провозглашенной президентом ЮАР Табо Мбеки. Задачами возрождения, помимо создания демократических политических систем, успешной борьбы против СПИДа; восстановления культур Африки, поощрение художественного творчества и доступ к передовой науке и технологии были объявлены также достижение устойчивого экономического развития[73].
С первых дней своего существования АС столкнулся с определенными проблемами: противостояние лидеров при согласовании на саммите в Лусаке (2001) кандидатуры нового Генерального секретаря ОАЕ (он должен был вести работу по ее преобразованию в АС), затяжной (восемь раундов) процесс выборов постоянного председателя Комиссии АС и его заместителей на Ассамблее АС в 2003 в г. Мапуту.
За время существования АС было проведено 12 саммитов. Последний проходил с 1 по 4 февраля 2009 г. и вновь показал, что противоречия между государствами - участниками АС до настоящего времени так и не были преодолены. Главными темами 12-го саммита АС стали модернизация инфраструктуры в африканских странах и последствия мирового экономического кризиса.
Также была затронута тема решения вооруженных конфликтов, препятствующих развитию континента и уносящих жизни людей, в частности, ситуация в Сомали, суданской провинции Дарфур, разногласия в Конго и политическая ситуация в Мавритании.
Кроме того, лидеры африканских государств рассмотрели предложения ливийского лидера Муамара Каддафи о создании Соединенных Штатов Африки вместо АС и формировании континентального правительства с широкими полномочиями. Данное предложение не нашло поддержки у тройки наиболее влиятельных государств континента - ЮАР, Нигерии и Кении, которые не захотели расставаться с частью своего суверенитета в пользу единого правительства континента. В результате на саммите было решено лишь немного расширить полномочия Комиссии АС, превратив ее в некую "администрацию", но только после очередного саммита в июле. Серьезной проблемой для руководства АС является нехватка финансовых средств. В октябре 2003 задолженность по уплате членских взносов 11-ти стран-членов организации составила 44 млн. долл. США, и они были лишены права выступать на заседаниях Союза. Такое положение дел ставит АС в зависимость от внешнего финансирования, ограничивает свободу действий и непосредственно отражается на его способности осуществлять миротворческие миссии.
Начиная с 2000-х гг. происходит формирование Всеафриканского парламента, формальным основанием для создания которого послужило вступление в силу 14 декабря 2003 г. протокола к Абуджийскому договору об образовании Африканского экономического сообщества 1991 г. Вслед за этим 18 марта 2004 г. в штаб-квартире АС - столице Эфиопии г. Аддис-Абебе состоялась инаугурация общеконтинентального законодательного органа.