Первой, созданной отделом археологической экспедицией, стала Центрально-Казахстанская (ЦКАЭ), возглавленная А.Х. Маргуланом.
Экспедиция обнаружила, обследовала и раскопала стоянки эпохи неолита и энеолита, поселения и могильники андроновской и дандыбай-бегазинской культур, погребальные сооружения VII - I вв. до н.э., курганы тюркского времени, средневековые городища и поселения.
Второй крупной экспедицией послевоенных лет стала Южно-Казахстанская, возглавляемая А.Н. Бернштамом и Е.И. Агеевой (ЮКАЭ). Итогом ее работ явилось обследование, картографирование и хронология большой группы городищ и поселений в Отрарском оазисе, на северных склонах Каратау, в долине Сырдарьи.
Среди значительных работ ЮКАЭ проводившихся в 50-е гг. следует назвать комплексные исследования городища Джувантобе и могильника Борижары на Арыси, раскопки городища Баба-Ата, которые явились первыми в Казахстане раскопками средневекового памятника на широких площадях.
Начиная с 1945 г., археологическое изучение (Приаралья) области проводила Хорезмская археолого-этнографическая экспедиция АН СССР ХАЭЭ под руководством С.П. Толстова.
С 1947 г. начинает работать Восточно-Казахстанская археологическая экспедиция АН КазССР и АН СССР (ВКАЭ) руководством ленинградского ученого С.С. Черникова. Основной задачей экспедиции стало выявление и исследование памятников, расположенных в зоне затопления в связи со строительством Усть-Каменогорской и Бухтарминской ГЭС.
В 1948-1950 гг. в Западном Казахстане работала археологическая экспедиция Саратовского Государственного университета, возглавляемая проф. И.В. Синицыным.
В 1950 г. в Западном Казахстане на городище Сарайчик работала Западно-Казахстанская археологическая экспедиция (ЗКАЭ) А.Х. Маргулана.
В 1954 г. Институт истории, археологии и этнографии организовал Илийскую археологическую экспедицию (ИАЭ) во главе с К.А. Акишевым с целью обследования зоны будущего затопления Капчагайской ГЭС.
В конце 40-х-50-х гг. на территории Казахстана был сделан ряд интересных случайных находок информация о которых регулярно появлялась на страницах изданий Институт истории, археологии и этнографии им. Ч.Ч.. Валиханова АН КазССР АН КазССР (ИИАЭ).
В 1954-1956 гг. в связи с освоением целинных и залежных земель были организованы специальные археологические исследования во многие области Казахстана, сумевших получить информацию о разрушаемых памятниках.
Одним из значительных открытий казахстанской археологии середины 50-х гг. стали древнепалеолитические местонахождения в горах Каратау в Южном Казахстане. Обнаружение их принадлежит геологу Г.Я. Ярмаку и археологу Х.А. Алпысбаеву. Это открытие положило начало новому направлению в казахстанской археологии - изучению палеолита.
В целом, конец 40-х-50-е гг. ознаменовался широким размахом археологических исследований. Они охватили почти все основные регионы Казахстана и включили в сферу исследований памятники самого разного хронологического диапазона. Своеобразный итог третьему этапу в развитии археологи Казахстана, начавшемуся в 1946 г. подвел выпуск в 1960 г. Археологической карты Казахстана, подытожившей многолетние широко масштабные археологические работы и позволившей наметить наиболее перспективные ее направления.
Следующий этап развития казахстанской археологии четвертый, охватывает 60-70-е гг. Идет процесс не только расширения исследований, связанный с выявлением новых памятников, их первичным описанием, но и их углубленное изучение путем организации многолетних стационарных раскопок, постановка и решение крупных научных проблем. ЦКАЭ во главе с А.Х. Маргуланом, затем М.К. Кадырбаевым, С.М. Ахинжановым по-прежнему определяла главные задачи в изучении памятников эпохи бронзы и раннего железа.
Период, который охватывает довоенное время и заканчивается концом 60-х гг., характеризовался организацией крупных экспедиций, работами в зоне целинных земель, раскопками Бесшатыра, могильников эпохи бронзы в Централь ном Казахстане. В это время начали свои исследования А.Х. Маргулан, А.Г. Максимова, Е.И. Агеева. Г.И. Пацевич, Т.Н. Сенигова, К.А. Акишев, М.К. Кадырбаев, Х.А. Алпысбаев.
Начиная с 70-х гг. произошел организационный рост археологической науки: появились новые отделы - лаборатория археологической технологии, отдел средневековой археологии, Музей археологии. В 1989 г. они пыли объединены в Археологический центр в составе ИИАЭ АН КазССР, а в 1991г. был организован самостоятельный Институт археологии им. А.Х. Маргулана Академии наук Республики Казахстан. В это время в науку пришли Б.Н. Нурмухамбетов, К.М. Байпаков, Л.Б. Ерзакович, Р.З. Бурнашева, М.С. Мершиев, А.К. Акишев, Ж.К. Таймагамбетов, З.С. Самашев, Е.А. Смагулов, Т.В. Савельева, А.Н. Марьяшев, Ж.К. Курманкулов. В эти же годы была организована Южно-Казахстанская комплексная археологическая экспедиция, проводившая масштабные раскопки городищ Отрар, Куйруктобе, Кок-Мардан и поисковые работы в долине Сырдарьи и на склонах Каратау. В это же время исследовались сакские и усуньские памятники, древнее наскальное искусство в Восточном Казахстане и Семиречье, раскапывались разновременные памятники эпохи бронзы и раннего железа в центральном Казахстане. Важным явлением этого периода стало то, что наряду с Центром археологии в Академии наук возникли новые центры - в университетах, педагогических вузах, музеях. Деятельные коллективы исследователей сформировались на кафедре археологии и этнологии Казахского государственного университета, на историческом факультете Карагандинского государственного университета, в Чимкентском, Петропавловском и Кустанайском педагогических институтах, в Карагандинском и Петропавловском областных музеях.
За почти полувековое существование Института; археологии и этнографии казахстанская археология не только смогла обогатить мировую науку выдающимися открытиями, но и позволила выявить основные этапы развития общества в Казахстане в древности и средневековье.
Среди наиболее важных ее достижений открытие древнейших палеолитических стоянок, явившихся доказательством того, что территория Казахстана была заселена около миллиона лет тому назад. Наличие ряда общих признаков в нижнем палеолите Казахстана и Евразии свидетельствует о том, что нижнепалеолитическая культура Казахстана - одно из звеньев в общей цепи культуры человечества. Вы явлена роль казахстанского металлургического центра в раз витии палеоэкономики племен эпохи бронзы Евразии.
Сейчас удалось установить, что Казахстан был одним из регионов, где протекал процесс трансформации скотоводческое - земледельческих племен в ранних кочевников. Новые археологические открытия, в частности раскопки сакских курганов на берегах или и в низовьях Сырдарьи, позволяют говорить о том, что Казахстан являлся важным центром сакских племен.
Крупным достижением казахстанских археологов стало выявление динамики урабанизационных процессов, развития оседлой и городской культуры. Выяснено, что через территорию Казахстана проходил Великий шелковый путь - одно из удивительных достижений мировой цивилизации.
Археологические материалы свидетельствуют о многокомпонентности культуры Казахстана. Огромное влияние на ее сложение оказывали политические, экономические и культурные связи с Китаем, Ближним и Средним Востоком, Средней Азией, Поволжьем, Приуральем, Сибирью. Взаимодействие и взаимовлияние различных культур, различных культурных зон явилось важнейшим фактором и в развитии процесса этногенеза. Установлено, что Западно-Тюркский каганат, а затем Тюргешский, Карлукский и позднее государство Караханидов, центры которых находились на территории Казахстана, являлись средневековыми государственными образованиями, творчески соединившими в своей культуре разноэтнические традиции.
Государственность казахов, культура Казахского ханства, как явствует из археологических исследований Отрара, Кедера, Тараза, Туркестана, Сарайчика, Тальхира, восходят, к государственности и культуре древних тюрок, караханидов, кыпчаков. Изучение кочевых и оседлых цивилизаций ясно показывает, что взаимодействие и взаимообогащение культур различных народов было магистральной линией мирового прогресса, В недрах таких взаимодействий лежат и истоки этногенеза современных народов Казахстана и Средней Азии.
Свидетельством международного признания успехов казахстанской археологической школы явилось проведение в Алма-Ате ряда международных научных конференций. В свою очередь, археологи республики приглашались с докладами и сообщениями, для чтения лекций в Вашингтон, Париж, Токио, Сеул.
В центр пропаганды археологических знаний и достижений науки Казахстана, в действенный инструмент активизации исторической памяти народа превратился Музей археологии АН РК. Основой для создания в 1973 г. музея послужили археологические коллекции, накопленные учеными с 1946 по 199О г. Среди них уникальные, имеющие обще мировое историческое и научное значение материал; из раскопок могильников эпохи бронзы - коллекции золотых украшений, относящихся к эпохе саков и усуней, находки из раскопок средневековых городов Отрар, Тараз, Туркестан. Музей располагает комплексом золотых изделий из раскопок кургана Иссык. Находки из золота - это художественная и научная ценность, являющаяся постоянно объектом изучения. Достаточно сказать, что с момента раскопок кургана Иссык вышли три научные монографии и свыше двух десятков статей по древнему искусству, идеологии и культуре Казахстана.
Следующий пятый этап истории казахстанской археологии начался с 80-х гг. Он характеризуется организационными изменениями в ней: появлением археологических центров в областях, расширением археологических работ публикаций многочисленных статей, монографических работ, посвященным актуальным проблемам археологии, появлением в археологической науке новых направлений, использованием в археологии методов естественных наук. В 1981 г. в Алма-Ате было проведено всесоюзное совещание по проблемам средневековой городской культуре Казахстана и Средней Азии. На нем было выделено новое направление – позднесредневековая археология.