До складу центрального апарату Фонду входять 20 департаментів, одне самостійне управління та один самостійний відділ, які, відповідно до поставлених перед Фондом завдань, виконують функції за напрямами своєї роботи. Організаційну структуру центрального апарату Фонду подано на рисунку 2(див. додаток 2).
Фонд діє відповідно до вимог Тимчасового положення про Фонд державного майна України, затвердженого постановою Верховної Ради України від 7 липня 1992 р. № 2558-ХІІ. Згідно з цим положенням, основними завданнями Фонду є:
- захист майнових прав України на її території та за кордоном;
- здійснення прав розпорядження майном державних підприємств у процесі їх приватизації, створення спільних підприємств;
- здійснення повноважень щодо організації та проведення приватизації майна підприємств, яке перебуває у загальнодержавній власності;
- здійснення повноважень орендодавця майна державних підприємств і організацій, їх структурних підрозділів;
- сприяння процесові демонополізації економіки і створенню умов для конкуренції виробників.
Відповідно до цих завдань, Фонд розробляє і подає Кабінетові Міністрів України проекти державних програм приватизації, організовує і контролює їх виконання. У ході організації підготовки до приватизації та продажу об'єктів Фонд укладає угоди з посередниками і видає їм ліцензії, створює комісії з приватизації та затверджує плани приватизації державного майна.
На основі розроблених планів Фонд здійснює продаж державного майна, у тому числі майна ліквідованих підприємств і об'єктів незавершеного будівництва. Він змінює організаційно-правову форму підприємств шляхом перетворення їх у ВАТ і здійснює повноваження власника щодо часток акцій АТ, які не було реалізовано у процесі приватизації, зокрема - несе ризик (відповідальність) у межах цих часток. При цьому вживаються заходи щодо залучення іноземних інвесторів до процесу приватизації, створюються спільні підприємства, до статутних фондів яких передається майно, що є загальнодержавною власністю.
Стратегічне планування здійснюється відповідно до програм діяльності Уряду. У процесі реалізації планів здійснюються моніторинг їх виконання та аналіз досягнутих результатів, а також визначаються проблеми з метою їх усунення. Структурні підрозділи Фонду планують свою діяльність як систему конкретних заходів законодавчого, нормативно-правового та організаційного характеру щодо здійснення приватизації державного майна та управління об'єктами державної власності. Головою Фонду державного майна України за участю його заступників, директорів департаментів та окремих підрозділів проводяться щотижневі наради. Загальні результати роботи розглядаються на колегії Фонду відповідно до затвердженого графіка.
Для забезпечення ефективної реалізації функцій Фонд координує діяльність з іншими центральними та місцевими органами виконавчої влади під час виконання завдань, розроблення проектів нормативних актів, участі у розробці загальнодержавних програм економічного, науково-технічного і культурного розвитку України, а також при вирішенні оперативних питань. Відбувається постійна взаємодія Фонду з Верховною Радою України, Адміністрацією Президента України та Кабінетом Міністрів України.
Контроль за діяльністю Фонду здійснює Спеціальна контрольна комісія Верховної Ради України з питань приватизації, а спеціальні підрозділи Фонду реалізують контрольно-ревізійні функції щодо перевірки дотримання законодавства у процесі приватизації та контролюють виконання умов договорів купівлі — продажу об'єктів приватизації. Фонд щоквартально подає до Адміністрації Президента України, Верховної Ради України та Кабінету Міністрів України аналітичну довідку про хід виконання Державної програми приватизації. Щорічний звіт про хід приватизації, а також баланс доходів і видатків Фонду подається на розгляд і затвердження Верховної Ради України після узгодження з Кабінетом Міністрів України. Прозорість і гласність діяльності Фонду забезпечуються шляхом систематичного інформування населення через засоби масової інформації та мережу Інтернет про події у сфері приватизації, а також проведення прес-конференцій і включення до складу колегії Фонду представників громадських організацій. Методологія приватизації передбачає надання за визначений проміжок часу відповідних оголошень про конкурси й продажі об'єктів приватизації через організаторів торгів.
Регіональні відділення та представництва Фонду діють на підставі постанови Кабінету Міністрів України «Про затвердження положень про регіональне відділення та про представництво Фонду державного майна України у районі, місті» від 15 червня 1994 р. № 412. Вони створюються, відповідно, Фондом державного майна України і його регіональними відділеннями і їм підпорядковуються, а у питаннях приватизації майна, що перебуває у комунальній власності, є підзвітними, відповідно, Верховній Раді АР Крим, Київській, Севастопольській, районній та міській Радам народних депутатів.
Регіональні відділення та представництва Фонду організовують і проводять приватизацію державного майна згідно з державною, республіканською (АР Крим) і місцевими програмами приватизації, здійснюють повноваження власника щодо майна, яке приватизується відповідно до прийнятих ними рішень, а також повноваження орендодавця державного майна. Начальників регіональних відділень (крім начальника регіонального відділення по Києву, яким за посадою є заступник Голови Фонду) призначає на посаду та звільняє з посади Голова Фонду, а начальників представництв - відповідно, начальники регіональних відділень. Гранична чисельність працівників, фонд оплати праці й асигнування на утримання регіональних відділень затверджуються Фондом, їх витрати, пов'язані з приватизацією об'єктів, відшкодовуються в порядку та в межах, установлених Фондом згідно з державною, республіканською (АР Крим) і місцевими програмами приватизації. Фонд на основі та на виконання Конституції України, Законів України, підзаконних розпоряджень і доручень Президента України, Верховної Ради України та Кабінету Міністрів України видає у рамках своєї компетенції накази і розпорядження, обов'язкові для виконання регіональними відділеннями та представництвами Фонду.
Тимчасовий регламент, затверджений наказом Фонду від 21 січня 2004 р. № 86, встановлює порядок організації його діяльності. Окремими розділами цього документа регламентуються організація роботи колегії Фонду, порядок розробки проектів законів, підзаконних актів і нормативних документів, порядок розгляду депутатських звернень і запитів, звернень органів виконавчої влади, листів і скарг громадян тощо.
Слід зазначити, що з моменту прийняття Тимчасового положення про Фонд державного майна України коло питань, які сьогодні вирішуються цією установою у сфері державної економічної політики та державного управління, значно розширилося. Це стосується нормативно-методологічного та законодавчого забезпечення процесів приватизації, оцінки та оренди державного майна, а також управління ним. Більш широкими стали повноваження Фонду у сфері міжнародної діяльності. На Фонд Законом України «Про оцінку майна, майнових прав та професійну оціночну діяльність в Україні» від 12 липня 2001 р. № 2658-ІІІ покладено функції щодо державного регулювання оціночної діяльності. Актуалізовано питання використання державного майна, яке не увійшло до статутних фондів господарських товариств, створених у процесі приватизації (корпоратизації). Крім того, на Фонд покладено обов'язки щодо видачі фізичним і юридичним особам свідоцтв про право власності на майно, придбане ними у процесі приватизації, та підтвердження права власності на державне майно, яке передається до статутних фондів господарських товариств, створених у процесі приватизації. Постійно розвиваються орендні відносини. Ведення реєстру договорів концесії тепер також покладено на Фонд. Дедалі актуальнішими стають питання управління об'єктами права державної власності, яким, на жаль, раніше відводилася дуже незначна роль, про що свідчить їх вкрай недостатня законодавча урегульованість. Оскільки відповідальність за вирішення цих проблем не взяло на себе жодне міністерство, то значний перелік функцій у цій сфері автоматично перенесено на Фонд, хоча їх законодавчого закріплення не відбувається. Сьогодні, з метою організації контролю за ефективним використанням державного майна та фінансово-господарською діяльністю ВАТ, створених у процесі приватизації, Фонд веде реєстр корпоративних прав держави та державного майна, яке не увійшло до статутних фондів господарських товариств, проводить оцінку корпоративних прав держави, здійснює повноваження щодо управління державними корпоративними правами, тощо.
З метою чіткого визначення статусу та правових засад діяльності Фонду державного майна України ним було розроблено проект Закону України «Про Фонд державного майна України», що містить майже вичерпний перелік функцій, які сьогодні доводиться виконувати цій установі і які за своєю значущістю для економіки держави конче необхідно закріпити на законодавчому рівні.
Окремо слід сказати про законодавче врегулювання питання підпорядкування приватизаційного відомства. Відповідно до Тимчасового положення про Фонд державного майна України, «Фонд у своїй діяльності підпорядкований і підзвітний Верховній Раді України». Окреслені функції та повноваження Фонду свідчать про те, що його діяльність відбувається у сфері управління об'єктами державної власності. Але прийнята 28 червня 1996 р. Конституція України ст. 116 визначає основним суб'єктом управління об’єктами державної власності Кабінет Міністрів України. Таким чином, виникла певна колізія відносно підпорядкування органу державної влади, який здійснює політику приватизації та управління об'єктами державної власності, що належать до його компетенції. Спроба належного врегулювання діяльності Фонду на законодавчому рівні дістала відображення у проекті Закону України «Про Фонд державного майна України». З огляду на особливості приватизації на сучасному етапі та конституційно визначені повноваження Кабінету Міністрів України, статтю про підпорядкування виписано таким чином: «Фонд підзвітний і підконтрольний Верховній Раді України та підпорядкований Кабінету Міністрів України». Але закон не було схвалено, і ще й сьогодні ця установа здійснює свої повноваження на основі Тимчасового положення про Фонд державного майна України, затвердженого постановою Верховної Ради України ще у 1992 р. Запроваджена політична реформа значно розширює повноваження Верховної Ради України шляхом внесення відповідних змін до Основного закону держави. Проте п. 5 ст. 116 цього документа залишився без змін, і, відповідно, основним суб'єктом управління об'єктами державної власності і на майбутнє залишається Кабінет Міністрів України, якому - як центральний орган виконавчої влади - й має бути підпорядкований Фонд державного майна України.