В Верхней Италии венский гофкригсрат своей глупостью и своими интригами отравил и испортил русскому фельдмаршалу блестящие успехи его побед; гофкригсрат состоял под влиянием упрямого министра Тугута. Русский фельдмаршал не мог сделать нападения на французов, которые удерживались еще в Ривьере; между тем после падения Мантуи и Александрии у них не оставалось более оплота в Верхней Италии. Директория прислала войску подкрепления и нового полководца Жубера на место Моро. На юг от Тортоны, севернее Генуи, при Нови они сразились 15 августа с Суворовым; силы обоих были довольно одинаковы, по 35 000 человек у каждого. Сражение продолжалось 16 часов; битву решил австрийский генерал Мелас, который в полдень 15-го, нанес последний удар четырнадцатью тысячами свежих войск. Французы потеряли третью часть своего войска и 37 пушек. Жубер, полководец, от которого они ожидали столь многого, пал в битве. Здесь, в Италии, счастье не изменяло австрийцам и их союзникам до конца года. В конце сентября пала и Римская республика, а папский престол был восстановлен. Событие это совершилось, по странному стечению обстоятельств, при помощи русско-турецкого отряда, который на английских кораблях высадился в Апулии. Папа Пий VI умер в Валенсии в августе 1799 года, в мае следующего выбрали некоего Киарамонти, Пия VII.
К сожалению этими крупными успехами не сумели воспользоваться для полной победы и выгоды их были даже большей частью потеряны, по крайней мере, на северном театре войны, за Альпами. В Голландии англичане и русские высадились в половине сентября под начальством герцога Йоркского. Но поход этот был неудачен, он кончился 19 октября постыдной капитуляцией. Для англичан война эта была, однако, очень выгодна, так как они захватили колонии новой Батавской республики, а нидерландский флот передался им и поднял оранский флаг. Положение дел коалиции совершенно изменилось, благодаря лживому образу действия Вены. В основании се действий был положен чересчур недальновидный замысел — такова была вся политика Австрии — выжить русских из Италии, чтобы воспользоваться самим вполне плодами настоящего выгодного положения дел. Политикующие стратеги придумали в Вене совершенно новый план военных действий. Эрцгерцог Карл должен был двинуться к Рейну, где ожидали тогда дальнейших чудес от одновременного нападения англо-русских войск на Батавскую республику. Суворову было приказано перейти в Швейцарию и там соединиться со второй русской вспомогательной армией Корсакова, которая должна была прийти в половине августа в Шафгаузен. Такая неожиданная перемена в плане военных действий поставила Суворова в большое затруднение, так как ему предстояло совершить трудный переход через Альпы, в начале осени, в самое неудобное время. Кроме того, из трех путей через Альпы Суворов был вынужден избрать самый трудный — путь через гору С.-Готард, так как на других путях важнейшие проходы были уже заняты французами.
И вот в начале сентября 1799 года, при ненастной и туманной погоде, русские двинулись через Альпы. На вершине С.-Готарда французы загородили русским дорогу; но Суворов послал Багратиона в обход их позиции — и французы должны были уступить поле битвы. Весь переход через Готард, по дикой долине Рейса, по Чертову мосту, Вальдштетскому озеру, по долине Муотты — это нечто подобное подвигам древних витязей и переполнено самыми романтическими ужасами. Войско двигалось и сражалось по тропинкам, на которых ни до того, ни после никто никогда не воевал; оно шло среди пустынных каменных скал и ледяных гор (на них не было тогда даже следов теперешних любознательных путешественников), при нечеловеческих усилиях и лишениях, которые стоили Суворову почти 2000 воинов. Это возможно только такому полководцу, как Суворов, и такому солдату, как русский. Достигнув Муотенской долины, Суворов получил страшную весть о том, что Корсаков разбит Массеной при Цюрихе и вынужден к отступлению, а все выходы из Муотенской долины заняты 70-тысячной французской армией. У Суворова же было только 18 000 войска без артиллерии, без боевых припасов; солдаты были изнурены, босы и нуждались в самом необходимом. Французы были до такой степени уверены в громадном превосходстве своих сил, что считали нападение со стороны Суворова невозможным. Поэтому, когда русский генерал Розенберг ударил по французам со стороны Муотенской долины, он застал их врасплох и нанес им жестокое поражение, а между тем Суворов с главными силами оттеснил французов с другой стороны и пробился к Гларису; 26 сентября русское войско вышло наконец из гор, перешло на земли дружественной Баварии и отодвинулось за Лек. Узнав об этом, император Павел, разгневанный неприязненными действиями Австрии, порвал союз с ней и приказал своим войскам возвратиться в Россию. Суворов простился со своими сподвижниками в Кракове и уехал в Петербург, где вскоре и скончался (6 мая 1800 г.).
Несмотря на сентябрьские неудачи, можно было еще продолжать войну спокойно и с надеждой на успех, так как имелся в виду новый союзник в лице государства, до сих пор игравшего в событиях очень жалкую роль. Новый курфюрст Баварии, первый из линии Цвейбрюкенов, Макс Эммануэль, которому, казалось, не из-за чего было питать дружеские чувства к Австрии, обязался, однако, (1 октября, в Гатчине) всеми силами своего государства помогать правому делу. Он решился на это преимущественно оттого, что и правительство директории, стоявшее во главе враждебной республики, со своей стороны, в течение этого года дало достаточно доказательств своей полной неспособности.
Но тут именно совершилось событие, которое в октябре месяце дало делам решительный оборот. Генерал Бонапарт возвратился в Европу. 9 октября 1799 года он высадился во Фрежюсе.
Проследим, вкратце, события знаменитой, но вместе с тем и неудачной египетской экспедиции; со стороны она казалась гораздо прекраснее, чем была в действительности. Положение войска сделалось очень опасным после того, как погиб флот. Султан не пожелал понять той огромной пользы, которую, как уверяли его, французы доставили ему, уничтожив мамелюков. Побуждаемый Англией и Россией, он объявил 1 сентября войну Франции. Бонапарт решился из затруднительного положения своего извлечь возможные выгоды и стал устраиваться в Египте, как у себя, по-хозяйски. Естественные богатства страны и счастливый, уживчивый нрав французов много помогли ему. Некоторые французы так освоились с требованием Бонапарта применяться к обычаям местным (он подавал пример тому и сам), что совершенно перешли в ислам, как Мену — Абдалла Мену. Но опасность грозила с трех сторон: изнутри, где восстание в Каире было только на время подавлено; с севера, где опасались высадки англичан; из Сирии, где паша Ахмет-Джеццар собирал войско. Против последнего Бонапарт, по обыкновению, выступил сам. Пока Дезэ в Северном Египте удерживал остатки мамелюкского войска Мурада-бея, Бонапарт, в феврале 1799 года, шел в Сирию. Пограничная крепость Эль-Ариш сдалась 20 февраля. В Яффе, после взятия ее, казнили 2000 пленных; вероятно потому, что между ними оказались уже капитулировавшие в Эль-Арише. Опять дрогнули Святые Места и берега Иордана от грома оружия франков, как во времена крестоносцев. У этих новых франков было, впрочем, мало общего с крестоносцами; предводитель их уверял магометан, что он их друг, так как он прогнал с престола папу и уничтожил Церковь. Приступ на Сен-Жан-Дакр не удался. Турки оказали на стенах упорное сопротивление. Их воодушевляли англичанин Сидней Смит и французский роялист Филиппо. Победы в открытом поле приносили мало пользы. Положение в Египте становилось опасным, несмотря на победы Дезэ на берегах Верхнего Нила, где он проник до чудесных построек древних времен. Ученые, сопровождавшие войска, привезли оттуда сведения, которые послужили началом к целому ряду исторических исследований. Во французском лагере показался обычный союзник варваров — чума, от которой стали умирать. После сражения при горе Фаворе, в котором Бонапарт разбил Дамасского пашу, он возвратился в Египет и вступил опять 14 июня в Каир. Турецкая армия, в 18 000 человек, под начальством Румелийского паши, высадилась в Александрии. Бонапарт напал на нее и уничтожил ее 25 июля при Абукире.
При переговорах об обмене пленными, командор Сидней Смит дал ему пачку газет. Англичанин оказал этим плохую услугу коалиции; для нее выгоднее всего было, чтобы Бонапарт оставался в Египте. Между тем из этих газет Бонапарт узнал, что его час уже пробил во Франции. Его великие восточные планы, надежды сделаться новым Александром — не осуществились и были с самого начала несбыточны. Он мечтал, между прочим, соединиться с сыном Гидер-Али, Типпо-Саибом, Мизорским князем в Индии; с 1797 года француз Рибо старался вооружить саиба против англичан; но мещанский султан, как они прозвали этого восточного деспота, в мае этого года пал в сражении. Замечательно, что в этих битвах начал свое военное поприще будущий противник Наполеона, тогда еще не более как сэр Артур Уэлеслей. Если даже и была какая-либо возможность окончить с честью египетское предприятие, то сделать это можно было только из Европы, коренным образом изменив все отношения во Франции. Бонапарт быстро составил себе план действий и быстро осуществил его. Не спросись ни у кого, тайно, в уединенном месте и в сопровождении немногих лиц, он сел на корабль, оставив войску своему прокламацию, в которой он объяснял солдатам причины своего отъезда и обещал им скоро выслать новые подкрепления. Главное начальство он передал Клеберу, чем, конечно, ничуть не обрадовал его.
Счастье не покинуло его; он не попался многочисленным английским военным судам, плававшим по Средиземному морю. Из Фрежюса, где он высадился, он поспешил в Париж. По дороге население везде встречало его, точно законного повелителя, возвращающегося в свои владения. Он давно уже попал в число любимцев народа, которым прощают самые грубые ошибки. И народ был прав в этом. В сравнении с тем, что этот человек мог дать и дал бы своему народу, даже ошибка, подобная египетскому предприятию, оказывалась ничтожной.